Коперник, около полугода заведуя епархией после смерти епископа Фабиана, фактически выполнял обязанности епископа и продолжал политику Фабиана; никаким преследованиям лютеране при нем не подвергались. И в то время, как польский король Сигизмунд, еще летом 1520 года, запретил под угрозой большого штрафа ввоз и распространение сочинений Лютера, Коперник, в качестве заведующего епархией, ровно ничего не сделал для пресечения распространения новой ереси.
Каковы были личные взгляды Коперника в вопросах, бывших предметом богословских споров, нам не известно. Однако, косвенно можно судить об этом по книге Тидемана Гизе, близкого друга Николая Коперника. Как раз в это время Гизе написал против лютеран целое полемическое сочинение. В нем Гизе возражает против догматической и обрядовой стороны лютеранства, но не отрицает того, что нравы католического духовенства заслуживают самого строгого порицания и нуждаются действительно в исправлении. Он говорит, что в церковные обряды католической церкви вошло много суеверий, а в церковном управлении имеется много злоупотреблений и различных недостатков. Но, — заявляет он, — ради исправления дурного не нужно ломать всего, веками установленного, церковного строя. Коперник одобрил указанное сочинение Гизе, советовал последнему всячески его распространять и настаивал на его напечатании.
Таким образом, и отношение Коперника к лютеранскому движению, и его позиция в богословских вопросах, связанных с борьбой, разыгрывавшейся на исторической арене, носят явный характер компромисса.
Коперник недолго находился во главе епархии. Его сменил епископ Маврикий Фербер. Чем более выяснялось, что силы прусского герцога уступают силам Польши, тем более определялись позиции капитула в религиозной распре. Новый епископ выступил как ревностный защитник католицизма.
Тотчас же по утверждении его в епископском сане он издал строгий приказ всему епархиальному, подчиненному ему духовенству, чтобы никаких новшеств в церковных обрядах оно не допускало и чтобы всякие церковные требы совершались, как прежде. Учение Лютера новый епископ не разрешал распространять ни частным образом, ни публично; в противном случае он грозил всем ослушникам, еретикам-лютеранам и их покровителям, изгнанием, анафемой и прочими карами.
Когда во главе епархии стал епископ Маврикий Фербер, Коперник стал принимать все меньшее и меньшее участие в делах управления епархией, тем более, что бурные времена для Вармии миновали.
Торнское перемирие, заключенное на четыре года, заканчивалось в 1525 году.
Альбрехт, напрасно старавшийся найти себе новых союзников и покровителей, следуя совету Лютера, решил уничтожить орденский устав и свои владения превратить в светское государство. Польский король согласился на этот проект, и по краковскому договору, заключенному с Польшей в 1524 году, Альбрехт сложил с себя звание гохмейстера и бывшие орденские владения принял в лен от короля польского как «светское» герцогство.
Отойдя от «большой политики», Коперник, однако, не переставал интересоваться и заниматься близкими ему вопросами и не раз выступал на сеймах докладчиком по тому вопросу, по которому его считали большим специалистом: по урегулированию монетного обращения. Например, на сейме 7 мая 1528 года, состоявшемся в Мариенбурге, Коперник был командирован с исключительной целью выступить и дать указания именно по вопросам монетного обращения, как это видно из письма епископа Маврикия Фербера от 7 апреля того же года, посланного из замка Гейльсберга.