Приказом МВД СССР № 002 от 14 марта 1953 г. была утверждена структура МВД. Согласно ей, были образованы 1-е Главное управление — контрразведывательное, во главе с П.В. Федотовым; внешняя разведка вошла в МВД как 2-е Главное управление, ее начальником был назначен генерал-лейтенант B.C. Рясной; 3-е управление (военной контрразведки) возглавил Гоглидзе, 4-е (секретно-политическое) — бывший помощник Берии по Совету Министров генерал-лейтенант Н.С. Сазыкин, 5-е — экономическое — генерал-лейтенант Н.Д. Горлинский 6-е — транспортное — генерал-майор П.П. Лорент, 7-е — наружное наблюдение — генерал-майор М.И. Никольский, 9-е — охраны правительства — генерал-майор С.Ф. Кузьмичев, котрольную инспекцию по проверке исполнения приказов министра — генерал-лейтенант Л.Ф. Райхман, 10-е — управление коменданта Кремля — генерал-лейтенант Н.К.Спиридонов, следчасть-генерал-лейтенант Л.Е. Влодзимирский, отдел «П» (спецпоселений) — полковник В.И. Алидин. Было образовано 7 спецотделов: учетно-архивный, секретной техники, изготовления документов, радиоконтрразведки, изготовления опертехники, перлюстрации, гохрана. Их начальниками, соответственно, стали полковники А.С. Кузнецов, Н.А. Карасев, генерал-лейтенант С.С. Бельченко, полковник Л.Н. Никитин, генерал-майор В.А. Кравченко, генерал-лейтенант А.И. Воронин, полковник Н.Я. Баулин. Отдел «М» (мобилизационный) возглавил генерал-лейтенант Н.И. Яценко, а отдел «С» (спецсвязи) — полковник П.Н. Воронин. Войсковые управления возглавили: погранвойск — генерал-майор П.И. Зырянов, внутренней охраны — генерал-лейтенант Т.Ф. Филиппов, конвойной охраны — генерал-лейтенант А.С. Сироткин, военного снабжения — генерал-майор Я.Ф. Горностаев, военно-строительное — инженер-полковник П.Н. Соколов, службы МПВО — генерал-лейтенант И.С. Шередега. Главным милиционером стал один из бывших заместителей Игнатьева, генерал-лейтенант Стаханов, главным архивистом — генерал-майор В.А. Стыров, главным кадровиком — генерал-лейтенант Обручников, главным пожарным — генерал-майор Ф.П.Петровский, главным тюремщиком — полковник М.В. Кузнецов. Отделом по контролю и инспектированию военизированной охраны руководил генерал-майор Г.П. Добрынин, ХОЗУ — генерал-лейтенант М.И. Журавлев. Вернулось на Лубянку со Старой площади бывшее ГУСС при ЦК КПСС, ставшее теперь 8-м, шифровальным, управлением, вместе со своим прежним начальником полковником И.Савченко. Секретариат МВД возглавил генерал-лейтенант С.С. Мамулов, секретариат ОСО — генерал-майор В.В. Иванов, оба старые помощники Берии. В Коллегию, кроме заместителей, вошли Федотов, Рясной, Гоглидзе, Сазыкин, Стаханов, Обручников, Мамулов. После Берии, лично курировавшего 3-е, 8-е, 9-е и 10-е управления, следчасть, управление кадров, Контрольную инспекцию, Секретариаты МВД и ОСО, вторым человеком, первым среди 1-х заместителей, был Кобулов, курировавший 1-й и 2-й главки, 7-е управление и первые 6 спецотделов. Остальные замы распределили между собой 4-е, 5-е управления, отделы «М», «П», «С», 7-й спецотдел, Центральное архивное управление и все хозяйственные подразделения (Круглое), 6-е управление, главные управления милиции и пожарной охраны, управление службы местной противовоздушной обороны, тюремное управление и отдел по контролю и инспектированию ВОХР (Серов). Войсками занимался Масленников.
Новый министр быстро освободился от производственно-хозяйственных структур, передав их различным промышленным министерствам, и от тюрем с лагерями, отдав их Минюсту, кроме тех, где сидели «государственные преступники». А вместо этого в состав МВД перешли до этого самостоятельные главки геодезии и картографии (впрочем, в 30-40-е годы входившие в НКВД) и по охране государственных тайн в печати, в просторечии Главлит, который, кроме Наркомпроса, никуда не входил. Фактический контроль ГБ над цензурой стал теперь и формальным. Возглавили новые структуры, соответственно, А.Н. Баранов и К.К. Омельченко, курировать новые главки было поручено Круглову.
Стоит отметить, что генералы Райхман и Кузьмичев были освобождены из заключения.
После смерти Сталина и ликвидации МГБ контрразведка в объединенном МВД СССР была сосредоточена в 1-м Главном управлении. Начальником его по инициативе Берия стал генерал-лейтенант Петр Васильевич Федотов (его вторичное назначение — единственный случай в истории русской контрразведки). Его заместителями стали освобожденные из-под ареста по делу Абакумова Ф.Г. Шубняков и Е.П. Питовранов (последний спустя месяц отбыл в Берлин, назначенный руководителем представительства МВД, позднее КГБ, в ГДР).
29 апреля на основе бывшего Бюро № 2 МГБ (разведка и диверсии) в составе контрразведки была создана Специальная оперативная группа при 1 — м Главном управлении МВД, в задачи которой входил розыск заброшенных в СССР агентов-парашютистов. Ее начальником стал Герой Советского Союза полковник Михаил Сидорович Прудников. Через две недели эта новая структура была преобразована в 11-й отдел того же 1-го главка.