Важную роль сыграли контрразведчики и в срыве планов немецкой разведки по организации покушения на «Большую тройку» — Сталина, Рузвельта и Черчилля во время их встреч в Тегеране и Ялте. За успешную работу П.В. Федотов (во время встречи Сталина, Рузвельта и Черчилля в Ялте с 8 января 1945 г. был помощником начальника охраны объектов спецназначения в Крыму С.Н. Круглова по опер-работе на время «особого периода» — в этом факте прослеживается руководящая роль НКВД в период руководства Берии в тандеме наркоматов внутренних дел и госбезопасности) был награжден орденами Кутузова 1-й степени и Красного Знамени.
Осуществлялись оперативные действия и против разведок союзных стран. В 1942 г. был взят в разработку руководитель военной миссии США в Москве Файмонвилл. С помощью вошедшего в его окружение агента удалось выяснить связи Файмонвилла и снабжать его дезинформацией.
Через 5 месяцев после Победы, 30 октября 1945 г. был издан циркуляр НКГБ «О работе английской разведки против СССР». Тогда же был скомпрометирован в результате операции контрразведки помощник канадского военного атташе полковник Окулич.
За время войны Федотов был награжден 2 орденами Ленина (1943, 1945), 2 орденами Красного Знамени (1944, 1945), орденами Красной Звезды и Кутузова 1-й степени (1945), знаком «Заслуженный работник НКВД» (1942). В 1943 г. был произведен в комиссары ГБ 2 ранга, 9 июля 1945 г. получил звание генерал-лейтенанта.
Федотов с 23 января 1946 г. входил в состав Комиссии по руководству работой по подготовке Международного военного трибунала над японскими военными преступниками в Токио.
Наряду с работой по реальному обеспечению безопасности государства под руководством Федотова проводились мероприятия, возможно, задуманные с хорошими намерениями, но на практике явно нарушавшие законность. Такова была операция «Ложный закордон» («ЛЗ», «Мельница»), разработанная и проведенная Федотовым. Впервые о ней стало известно в 1990 г. из опубликованной в журнале «Известия ЦК КПСС» справке Комитета партийного контроля при ЦК партии.
Операция заключалась в следующем. Еще с 1941 г. действовал организованный сотрудниками УНКВД по Хабаровскому краю (начальник управления комиссар ГБ 2 ранга С.А. Гоглидзе) в 50-ти километрах от Хабаровска рядом с маньчжурской границей «ложный закордон». Чекисты вербовали на советской пограничной заставе подозревавшихся в шпионаже местных жителей и якобы «переправляли» их через «границу» для разведывательной работы. Люди попадали на «маньчжурский пограничный полицейский пост» и оттуда — в «уездную японскую военную миссию». Там «белоэмигранты» в форме японской жандармерии (на самом деле бывшие сотрудники УНКВД Хабаровского края, ранее осужденные за нарушения социалистической законности на различные сроки заключения), пытали подозреваемых, выбивая из них признания в работе на НКВД. В роли начальника «уездной японской военной миссии» выступал японец Тамито, бывший агент разведки Квантунской армии, арестованный советскими пограничниками в 1937 г. и приговоренный в 1940 г. к расстрелу (замененному 10-ю годами тюрьмы). Эту ситуацию сотрудники КПК, расследовавшие дело в конце 50-х, определили так: «…будучи осужден советским судом за японский шпионаж, был послан на ложный закордон, где учинял допросы советским гражданам».
В итоге некоторые «шпионы» после пыток соглашались на сотрудничество с «японцами», после чего их переправляли на советскую территорию, где арестовывали уже как «японских шпионов». «Ложный закордон» просуществовал до конца 1949 года. Многие из побывавших там 148 человек были осуждены к различным срокам заключения (несколько человек расстреляли).
По материалам раследования КПК, Федотов позднее был признан едва ли не главным виновником. Из постановления Секретариата ЦК КПСС по делу «Ложного закордона»: «Федотов…лично руководил работой «Мельницы», докладывал о ней Берии и Меркулову, выполнял их поручения по применению «ЛЗ» в отношении ряда советских граждан. Вся переписка и отчеты Хабаровского Управления НКВД с Центром о работе «Мельницы» адресовались только на имя Федотова, минуя канцелярию. Ни одно мероприятие, связанное с использованием «ЛЗ» не проводилось без его санкции. Федотов лично настаивал перед бывшим руководством НКВД СССР о применении расстрела к ряду невиновных советских граждан».
Схожий характер имеют и показания арестованного в 1951 г. полковника Григория Майрановского, бывшего сотрудника лаборатории отдела оперативной техники МГБ СССР:
«В течение 1941–1943 гг. мною была разработана проблема по выявлению «откровенности» у подследственных лиц (заметим, о неудачно завершившихся изысканиях он предпочитает не упоминать —