Став архимандритом Киево-Печерского монастыря, Могила тут же столкнулся с давней проблемой разграбления и захвата монастырских владений соседствующей шляхтой. После Брестской унии 1596 года польские власти, как правило, оставались глухи к жалобам православных, и к концу 1620-х годов лавра утратила немалую часть своих владений таким образом. Предшествующие архимандриты прилагали усилия к тому, чтобы вернуть отнятые земли и возместить понесенные убытки путем обращения в суд, но, как правило, эти попытки оказывались обреченными на неудачу. Могила принялся за дело куда более энергично. Подав иск в суд, он далеко не всегда готов был ожидать законного решения, а вооружал монастырских слуг и отбирал захваченные владения у соседей силой. Тут ему могли пригодиться навыки, приобретенные на военной службе. Важно было и другое: ему, настоятелю и хозяину монастыря, молдавскому воеводичу, аристократу, наносили обиды «бессапожные дворяне», как презрительно называли мелкую шляхту польские магнаты. Такое не могло остаться безнаказанным, и Петр Могила лично вставал во главе организованных им отрядов. Подобные действия вряд ли могли прийти по вкусу соседям, которые, в свою очередь, подавали жалобы на воинственного архимандрита в суд и самому королю, живописно обрисовывая допущенные по отношению к ним беззакония [149] . Однако тактика Могилы быстро принесла плоды: Киево-Печерская лавра выиграла в суде сразу несколько дел о разграблении и захвате ее собственности, и нападения на ее владения стали редкостью.
Среди важных дел, предпринятых Петром Могилой уже в первые годы его пребывания на посту лаврского архимандрита, была реставрация зданий и помещений монастыря, утратившего часть своего великолепия как следствие серьезных финансовых проблем, с которыми ему пришлось столкнуться в конце ХVІ – начале ХVІІ века. В 1628 году Могила обратился к ряду влиятельных людей и организаций, таких, как русский царь Михаил Федорович Романов и Львовское православное братство, с просьбой о финансовой помощи на восстановление православной святыни. Вскоре в лавру стали поступать значительные пожертвования. В том же году Могила за собственные деньги выкупил драгоценную церковную утварь и священнические облачения, заложенные его предшественниками [150] .
В начале ХVІІ столетия престиж православной церкви в Польско-Литовском государстве был очень низок. И католики, и протестанты жестоко насмехались над ее суеверием, позорно низким уровнем образования священников и недостатком унификации в вопросах догматики, богослужебной и канонической практики и организации церкви. Именно этим фундаментальным вопросам духовной сферы Петр Могила посвятил свою почти двадцатилетнюю деятельность в качестве лаврского архимандрита, а впоследствии – Киевского и Галицкого митрополита. В своей книге записей он взывал к Богу одним из своих молебнов: «Раны, заушения, оплевания и поносная уничижения церкви… от волков хищных ныне возмущенную и от безбожных отступник гонимую, тую ныне от сих злодейства избави и воскре и умири – молитимся, Господи, услыши и помилуй» [151] . Стремясь доказать святость православной церкви и ее реликвий, Могила начал собирать повествования о чудесах, свершившихся в Киево-Печерской лавре и творимых хранящимися в ней мощами [152] . В 1629 году он подготовил и издал новый «Литургиарион, си ест Служебник», продолжив таким образом серию важнейших публикаций богослужебного, полемического, догматического и канонического характера, начатую изданием ранее в том же году «Номоканона»(сборника церковного права). Кроме «Номоканона» и «Литургиариона», она включила в себя так называемые Большой и Малый катехизисы (соответственно ок. 1640 и 1645 годов) [153] ; и «Евхологион, альбо Молитвослов, или Требник» (1646). По мнению В.М. Ничик, именно такой порядок выхода книг в свет был неслучаен: «„Номоканон“, который подчеркивал приоритет и обязательность [церковных] законов, был первым и предшествовал и „Требнику“, и „Катехизису“, его введение в оборот было необходимым условием обеспечения эффективности последних. Это был единый замысел, звенья целостного масштабного труда по унификации, систематизации и осмыслению канона, литургии и догматики… православной церкви» [154] .