Задача по ликвидации восстания была возложена на командующего войсками Петроградского военного округа Д. Н. Аврова. В Петроград незамедлительно выехали председатель РВСР Л. Д. Троцкий и Главком С. С. Каменев. Выявив неспособность Аврова предпринимать решительные меры, они 5 марта подписали приказ о восстановлении 7-й армии с подчинением ее непосредственно Главкому. Армию возглавил командующий Западным фронтом бывший подпоручик М. Н. Тухачевский, будущий Маршал Советского Союза, которому подчинялись войска Петроградского военного округа и командующий Балтийским флотом. Тухачевский был введен в состав Комитета обороны Петрограда. Ему поручалось «в кратчайший срок подавить восстание в Кронштадте». В приказе подчеркивалось: «5 марта предупредить Кронштадт, что если в течение 24 часов возмущение не будет прекращено, то будут открыты военные действия»[5]. В Петроград срочно выехало более 370 делегатов X съезда РКП(б), в том числе К. Е. Ворошилов, Е. И. Ковтюх, И. С. Конев. Со многими из тех, кто вместе с Коневым штурмовал Кронштадт, ему не раз придется встречаться на служебном пути.
Утром 8 марта наспех подтянутые части по сигналу Тухачевского перешли в наступление. Однако оно закончилось неудачей. Это вынудило командарма прекратить бесплодные атаки. После тщательной подготовки войска 7-й армии около трех часов утра 17 марта снова перешли в наступление. Среди делегатов X съезда РКП(б), участвовавших в боевых действиях, был и Конев, боец одной из батарей, располагавшейся на косе Лисий Нос. Весь день шли уличные бои, завершившиеся победой войск 7-й армии. После восстановления порядка в Кронштадте началось следствие по делу восставших. Их потери составляли свыше 1 тыс. убитыми, более 2 тыс. ранеными и около 2,5 тыс. пленными[6]. Через специально созданные революционные тройки, наделенные судебными функциями, в 1921—1922 гг. прошел 10 001 человек: 2103 были приговорены к расстрелу, 6447 – к разным срокам заключения и 1451 – освобожден.[7]
И. С. Конев, вернувшись после окончания работы X съезда на Дальний Восток, получил новое повышение. Он был назначен комиссаром штаба Народно-революционной армии (НРА) Дальневосточной республики, провозглашенной еще 6 апреля 1920 г. Армией с лета 1921 г. командовал будущий Маршал Советского Союза В. К. Блюхер, являвшийся одновременно военным министром республики и председателем Военного совета НРА.
Отметим, что И. С. Коневу везло на начальников. Это были люди с сильной волей, обладавшие военным талантом, у которых будущему маршалу Коневу было чему научиться. Его назначение комиссаром штаба НРА по времени совпадало с большой работой, проводимой ее командованием по реорганизации войск, повышению их боеспособности и укреплению воинской дисциплины. 30 июня Военный совет НРА и Флота ДВР издал приказ о реорганизации военного управления вооруженными силами Дальневосточной республики[8]. Вместо штаба Главнокомандующего и Главного штаба был создан единый штаб НРА ДВР. 10 июля на свет появляется новый приказ № 39 о переформировании отдельных стрелковых дивизий в отдельные стрелковые бригады, 2-й Амурской армии – в Амурскую стрелковую дивизию, Забайкальской кавдивизии – в три бригады двухполкового состава, а также о расформировании Сретенской кавбригады.[9]
В этой работе активное участие принимал комиссар штаба Народно-революционной армии. Ему также довелось участвовать в штурме Волочаевки, которая под руководством известного в русской армии инженера полковника Аргунова была превращена в мощный укрепленный район. Вся местность вокруг него, от р. Тунгуска до Амура, была оплетена густой сетью колючей проволоки. За этой железной изгородью саперы и солдаты белоповстанческой армии возвели многочисленные оборонительные сооружения, отрыли окопы с ледяными брустверами, волчьи ямы, оборудовали блокгаузы. Подступы к укрепрайону были заранее пристреляны ружейно-пулеметным огнем. С сопки Июнь-Корань прекрасно просматривалась лежащая к западу кочковатая равнина, покрытая местами тощим кустарником. Наступать по равнине в лоб, чтобы пробить брешь в прочной волочаевской преграде, было бы безумием.