В ту ночь Кондратенко так и не уснул. Из головы не выходила одна мысль: «Что же теперь будет?» И сам же себе отвечал: «А что будет, знаю: жди теперь японцев в гости. Степан Осипович командовал эскадрой всего 36 дней, а успел сколько! Кто знает, как дорого будет стоить Артуру да и всей России его гибель…»
Утром принялся за письмо к жене:
«…Сегодня в 9 часов утра состоится в гарнизонной церкви панихида по вице-адмиралу Макарову и погибшим с ним офицерам и нижним чинам. Конечно, вчерашняя неудача — тяжелое испытание, но при энергии она принесет не только горе, но и решимость удвоить внимание для борьбы, а равно, может быть, научит русских, хотя на будущее время, подготовляясь к войне, встречать ее со всеми позднейшими изобретениями техники…»
На фоне всеобщей скорби кощунственно прозвучали нападки наместника на активные действия, практикуемые Макаровым, якобы послужившие причиной гибели, и полное равнодушие Стесселя, Фока и компании. Но перещеголял всех самый главный адмирал Российской империи Николай II, который, просматривая некролог на смерть Макарова, собственноручно вычеркнул из него слова, что при Макарове «Флот оживает, проявляет дух инициативы, угрожает неприятелю и вызывает в нем напряженные усилия запереть выход этому беспокойному и отважному адмиралу».
Кондратенко в своих ночных мыслях не ошибся. Адмиралу Того доложили о гибели в тот момент, когда в крепости служили панихиду. На следующий день он получил приказ из Токио немедленно начать десантную операцию по высадке на Ляодунский полуостров 2-й армии генерала Оку.
Наместник прибыл в Артур 2 апреля, поднял флаг главнокомандующего на броненосце «Севастополь» и приступил к командованию эскадрой. Как и следовало ожидать, Алексеев сразу же повел борьбу с нововведениями покойного Макарова. Прежде всего было приказано жестоко пресекать все попытки действовать в наступательном духе и направить все силы на оборону. В связи с этим усилить охрану рейда, организовать траление мин. Флот получил новую организацию и был разбит на отряды: броненосцев — под командованием контр-адмирала Ухтомского, крейсеров — под командованием капитана первого ранга Рейценштейна, канонерок и минных крейсеров — вод командованием контр-адмирала Лощинского. Миноносцы свели в два отряда, остальные суда подчинили командиру порта. Впервые приказом Алексеева на сухопутные форты были отправлены с кораблей 26 орудий и 16 пулеметов. Флот перестал выполнять свою главную задачу, так как не выходил в море даже с ограниченными целями. Вновь созданный морской штаб за неимением четких указаний занимался бессмысленной перепиской с кораблями.
Японская разведка постоянно информировала свой главный штаб о происходившем в крепости, но адмирал Того считал слишком невероятным отказ от активных действий русских морских сил. Он требовал проведения новой операции по закупорке русского флота в гавани.
В ночь на 20 апреля Того вышел с флотом на третью операцию блокады русского флота. Около часа ночи японцы были обнаружены. По боевой тревоге огневые средства крепости и флота готовились к отражению атаки. В 1 час 30 минут появился первый из двенадцати шедших к Артуру брандеров. Встреченный шквальным огнем, он продолжал приближаться к проходу, миновал бон, но все же взорвался и затонул. Следующий за ним взорвался, не доходя до бона… Один за другим подходили брандеры к проходу и самовзрывались либо тонули от огня береговых батарей и эскадры. Затонули десять заградителей. Два вообще не дошли до Артура. Попытка японцев блокировать русский флот не удалась. Проход оставался чист.
На следующий день с утра весь горизонт покрылся японскими кораблями, вытянувшимися в линию милях в десяти от крепости. Пробили тревогу, но бомбардировки не последовало. Стало ясно: японцы прикрывают высадку.
Для наместника это было только подтверждением полученной накануне телеграммы, сообщавшей о появлении в районе Быцзыво японского транспортного флота. В этой же телеграмме Алексееву, как главнокомандующему, высочайшим повелением было предписано покинуть Артур, что он и поспешил сделать, оставив командовать эскадрой начальника своего штаба контр-адмирала Витгефта. Поразительны по своему невежеству предписания наместника о характере действия эскадры:
— Активных действий всей эскадрой без разрешения не предпринимать, ограничиваясь поисками крейсеров и миноносцев, но не подвергая их риску.
— Обеспечить свободный выход кораблей в море, тщательно охраняя рейд.
— Оказывать всяческое содействие сухопутному командованию в обороне крепости.
— Принять все меры по скорейшему вводу в строй поврежденных броненосцев.
Если учесть, что новый командующий эскадрой был человек нерешительный, слабовольный, прямо заявивший о себе «я не флотоводец», артурская эскадра, выполняя указания наместника, окончательно потеряла свое лицо как самостоятельная боевая единица на море. Теперь полностью были развязаны руки у японского флота.