Однако несмотря на свой успех, Фёдор Петрович долго в Московской консерватории не задержался. Причиной, вероятно, был конфликт с администрацией. 11 февраля 1888 года Ф. П. Комиссаржевский написал директору Московской консерватории С. И. Танееву следующее письмо: «Думая, что мне в силу принятых на себя обязательств по отношению учреждения и равно моих учеников необходимо до разрешения вопросов продолжать занятия в классе пения, я рассчитываю завтра в обычный час 9.00 утра быть в классе. <Прошу> Вас снять с меня обязанности по оперному классу. Примите уверения в уважении Вашего покорнейшего слуги Ф. Комиссаржевского»[93]. О конфликте судим исключительно по тону письма и глухому упоминанию каких-то неразрешённых вопросов, которые могли воспрепятствовать продолжению работы Комиссаржевского со студентами. А. В. Амфитеатров упоминает в своих мемуарах, что администрация Консерватории была недовольна активной публицистической деятельностью Ф. П. Комиссаржевского, в том числе его сотрудничеством с газетой «Московский листок», имевшей дурную репутацию. Достоверны ли эти сведения, неизвестно. В любом случае прошение его было удовлетворено, и вскоре начался новый этап деятельности этого неутомимого человека.
Не прошло и нескольких месяцев после увольнения из Консерватории, а Ф. П. Комиссаржевского уже приглашают в Смоленск «для устройства оперного отдела по случаю проезда Великого князя»[94]. В Смоленске в это время не могло быть оперного отдела в театре, потому что театра в привычном понимании, как и постоянной театральной труппы, до 1919 года не существовало. В летние месяцы антрепренёрами использовались для сезонных постановок театральные залы. Оперный отдел мог быть при музыкальном обществе; вероятно, его-то и ездил организовывать Фёдор Петрович летом 1888 года по приглашению М. К. Тенишевой (тогда Николаевой), его преданной ученицы[95]. После окончания студии М. Маркези в Париже она занималась в 1887 году с Комиссаржевским в Москве: «С Комиссаржевским у нас завязались очень дружественные отношения. Он предсказывал мне очень хорошую карьеру и даже по моей просьбе поехал на следующее лето в Смоленск для участия в любительском спектакле, который предполагали устроить по случаю приезда великого князя Владимира Александровича»[96]. Предполагалось поставить по одному действию из опер «Рогнеда», «Фауст», «Аида» с приглашением столичных артистов. Спектакль расстроился из-за светской интриги, к которой наш герой не имел ни малейшего отношения, и Фёдор Петрович остался отдыхать у Тенишевой в знаменитом имении Талашкино, занимался с ней пением и лечился водами.
Учеником Комиссаржевского во время его работы в Консерватории был начинающий актёр К. С. Алексеев — будущий великий Станиславский, размышлявший тогда о карьере певца. Он оставил о своём учителе любопытные воспоминания:
«В то время в преподавательском мире имел успех знаменитый певец — тенор Фёдор Петрович Комиссаржевский. <...> Я стал брать у него уроки пения. Ежедневно, по окончании занятий в конторе, часто не успев пообедать, я летел в другой конец города, на урок к своему новому другу. Не знаю, что принесло мне больше пользы: самые ли уроки или разговоры после них. Когда мне показалось, что мои вокальные занятия подвинулись настолько, что я могу уже выступить в какой-нибудь партии, было решено ставить спектакль. Сам Ф. П. Комиссаржевский, соскучившись по сцене, захотел поиграть вместе со мной. Наш театр-столовая пустовал, и потому было решено воспользоваться им. Я готовил две сцены — дуэт с Мефистофелем из “Фауста” (Комиссаржевский и я) и первый акт из оперы Даргомыжского “Русалка”, в которой я пел Мельника, а Комиссаржевский — князя. Кроме того, для остальных учеников были приготовлены другие отрывки, в которых участвовали настоящие певцы с голосами не чета моему. Со второй репетиции я охрип и чем дальше пел, тем было хуже. <...> Встав на одни подмостки с хорошими певцами, я понял непригодность своего голосового материала для оперы, недостаточность музыкальной подготовки. Мне стало ясно, что из меня никогда не выйдет певца и что мне нужно навсегда расстаться с мечтами об оперной карьере.
Уроки пения прекратились, но я не переставал, чуть ли не каждый день, ездить к своему бывшему учителю, Ф. П. Комиссаржевскому, для того чтобы говорить с ним об искусстве и встречаться у него с людьми, причастными к музыке, пению, с профессорами Консерватории, где Комиссаржевский заведовал оперным классом, а я ещё продолжал быть в числе директоров. Скажу по секрету, что втайне у меня была дерзкая мысль сделаться помощником Комиссаржевского по классу ритма, который я измышлял для себя. Дело в том, что я не мог забыть очаровательного впечатления, которое осталось во мне, при оперных пробах, от ритмического лицедейства под музыку. <...> Я доказывал Комиссаржевскому необходимость культивирования физического ритма для певца. Он увлёкся моей мыслью. Мы уже нашли аккомпаниатора-импровизатора и по целым вечерам жили, двигались, сидели, молчали в ритме.