В отличие от других штабных офицеров, он понял, что Гитлер не стремился взять у Франции и Великобритании реванш за поражение в «великой войне». Фюрер считал, что главным стратегическим противником «третьего рейха» в борьбе за завоевание «жизненного пространства» (Lebensraum) станет Россия. Руководствуясь этими соображениями, Вефер организовал Люфтваффе в расчете на стратегическую воздушную войну с Советским Союзом, считая гораздо более важным (исходя из необходимости экономии людских и материальных ресурсов рейха) уничтожение вражеского оружия на предприятиях, его производящих, чем на полях сражений. Он потребовал от промышленности создать тяжелый бомбардировщик, имеющий достаточную дальность полета, для уничтожения целей в советских промышленных районах и, более того, способный достичь Уральских гор, находящихся в 1500 милях от ближайшего к границам СССР немецкого аэродрома. В результате на свет появился так называемый «уральский» четырех моторный бомбардировщик. В 1936 году два прототипа — «Юнкерс-89» (Ju. 89) и «Дорнье-19» (Do.19), на которые возлагались большие надежды, были готовы к испытательным полетам, но Вефер (уже генерал-лейтенант) не был удовлетворен их скоростью и потребовал разработки более мощного самолета.
Вальтер Вефер, вдобавок к прочим талантам, обладал искусством ладить с людьми и добиваться от них своего. Продираясь сквозь джунгли интриг, в которых погрязли правящие круги рейха, он сумел настоять на принятии своей точки зрения на развитие Люфтваффе. Ни Геринг, ни Мильх не понимали роли дальней авиации в будущей войне, но после того как Вефер переговорил с каждым из них в отдельности, ему удалось убедить их во всем.
Генерал-лейтенант Вальтер Вефер был одним из самых необычных деятелей в истории нацистского режима, пронизанной интригами, доносительством и клеветой. В отличие, например, от Мильха, это был человек с чистейшей репутацией. Зато как пилот он оставлял желать лучшего. Вплоть до назначения в Люфтваффе в 1933 году Вефер ни разу не сидел за штурвалом самолета. К роковому дню, когда он отправился в Дрезден, чтобы выступить перед курсантами военно-воздушного училища, он налетал всего 200 часов. После выступления Вефер должен был быстро возвратиться в Берлин на похороны героя первой мировой войны Карла Лицмана, но его пилот-напарник куда-то запропастился. Расстроенный и злой Вефер не стал проводить предполетный осмотр своего «Хейнкеля-70» (Не. 70), что стоило жизни многим более опытным, чем он, летчикам. Когда его напарник все-таки прибыл из самовольной отлучки, генерал затолкнул его в самолет, на котором летал прежде только один раз, не обратив внимания на зафиксированные крепления элеронов. Второй полет Вефера на Не.70 оказался очень коротким. Самолет с полными баками, едва поднявшись в воздух, врезался в землю и взорвался. Вальтер Вефер погиб мгновенно. Это было 3 июня 1936 года.
На похоронах Вефера Герман Геринг плакал, как ребенок. Однако жизнь продолжалась. Нужно было как-то нейтрализовать влияние Мильха и поубавить его непомерные амбиции. Довольно длинный список начальников Генерального штаба, на которых он возложил эту задачу, открыл генерал-лейтенант (впоследствии фельдмаршал) Альберт Кессельринг. Единственная позиция, не вызвавшая разногласий между Мильхом и Кессельрингом, была такова: четырехмоторный стратегический бомбардировщик, учитывая затраты на его строительство и огромное количество пожираемого им горючего, слишком дорогая затея. Геринг согласился с этим аргументом, несмотря на энергичные протесты оберстов Пауля Дейхмана, начальника оперативного отдела Люфтваффе, и Курта Пфлюгдойля, инспектора бомбардировочной авиации.
В результате до конца второй мировой войны рейх так и не стал обладателем стратегического бомбардировщика. Люфтваффе оказались неспособными поддержать действия флота во время «битвы за Атлантику» и нанести сокрушающий удар по британским военным и промышленным объектам в «битве за Англию». Основные производственные мощности СССР вообще оставались вне пределов их досягаемости. В то же время союзники наносили сокрушительные удары по рейху, используя именно четырехмоторные бомбардировщики.
В 1937 году Геринг, по-прежнему приверженный своей излюбленной политике «Разделяй и властвуй», расчленил командование Люфтваффе на три ведомства, независимые ни друг от друга, ни от Министерства авиации Мильха, ни от Генерального штаба: управление противовоздушной обороны (ПВО), управление личного состава и техническое управление. Эти новые структурные подразделения подчинялись лично «толстому Герману» и, естественно, из-за его неисправимой лени, оказались «бесхозными». В случае с первыми двумя управлениями, руководимыми знающими штабными офицерами, данное обстоятельство не играло особой роли, однако с третьим, техническим, дело было гораздо хуже: это жизненно важное для Люфтваффе учреждение попало под некомпетентное руководство Эрнста Удета.