29 мая 1945 г. генерал-полковник[70] Берзарин был награжден орденом Суворова 1-й степени. Эту награду он получил уже в новой ипостаси. По решению Маршала Советского Союза Жукова командующий 5-й ударной армией был назначен начальником гарнизона и комендантом Берлина. Приказ о вступлении в эти должности Николай Эрастович подписал еще 30 апреля[71]. В те дни Всеволод Вишневский в своем дневнике сделал такую запись: «Комендантом города назначен командующий Н-ской ударной армией генерал-полковник Берзарин. Это один из культурнейших генералов Красной армии. У него есть масштаб».
Генерал-полковник Берзарин провел большую работу, направленную на восстановление нормальной жизни в Берлине. Он потребовал от населения города соблюдать полный порядок и оставаться на своих местах, распустить и воспретить деятельность национал-социалистической немецкой рабочей партии (НСДАП) и подчиненных ей организаций («Гитлерюгенд», «Фрауеншафт», «Штудентенбунд»). Руководящему составу всех учреждений НСДАП, гестапо, жандармерии, охранных отрядов, тюрем и всех других государственных учреждений предписывалось в течение 48 часов с момента опубликования приказа явиться в районные и участковые военные комендатуры для регистрации. Все электростанции, водопровод, канализация, городской транспорт, метро, трамвай, троллейбус, лечебные учреждения, продовольственные магазины и хлебопекарни должны были возобновить свою работу по обслуживанию нужд населения. Впредь до особых указаний разрешалась выдача продовольствия из продуктовых магазинов по ранее существующим нормам и документам.
В приказе № 1 генерал-полковник Берзарин распорядился выдавать молоко больным детям и новорожденным. Приказом № 3 разрешалась свободная торговля продовольственными и промышленными товарами по твердым ценам. Владельцы и управляющие банками должны были временно прекратить всякие финансовые операции. Населению Берлина запрещалось: «а) выходить из домов и появляться на улицах и во дворах, а также находиться и выполнять какую-либо работу в нежилых помещениях с 22.00 до 8 утра по берлинскому времени; б) освещать помещения с незамаскированными окнами; в) принимать в состав своей семьи, а также на жительство и ночлег кого бы то ни было, в том числе и военнослужащих Красной армии и союзных войск, без разрешения военных комендантов; г) допускать самовольное растаскивание брошенного учреждениями и частными лицами имущества и продовольствия».
Комендант Берлина предупреждал, что население, нарушающее указанные требования, будет привлекаться к строгой ответственности по законам военного времени. Кроме того, за враждебное отношение к военнослужащим Красной армии и союзных ей войск также грозила ответственность по законам военного времени. Военнослужащим Красной армии запрещалось производить самовольно, без разрешения военных комендантов выселение и переселение жителей, изъятие имущества, ценностей и производство обысков у жителей города. Уже к исходу 1 мая была организована работа военных комендатур, взяты под охрану основные промышленные объекты, различные склады и важные учреждения. Во всех занятых районах из числа местных жителей создавались группы содействия, которые работали под руководством и контролем районных и участковых военных комендантов.
Гибель генерал-полковника Н.Э. Берзарина породила несколько версий смерти, а также слухов и легенд. Официальная версия озвучена в телеграмме Маршала Советского Союза Г.К. Жукова. Директор Немецко-русского музея в Карлсхорсте доктор Петер Ян, автор биографической книги о Берзарине, пишет, что при вскрытии в крови у Николая Эрастовича были также обнаружены следы алкоголя. Серьезная стадия опьянения была и у водителя грузовика. По другой версии, которую также озвучил Петер Ян, по показаниям одного из свидетелей аварии, никакой колонны грузовиков не было. Мотоцикл Берзарина на полном ходу врезался передним колесом в высокий каменный бордюр, и мотоциклист, вылетев из седла, пролетел большую дугу в воздухе. Еще одна версия принадлежит Фритцу Ковиршке, шоферу берлинского полуподпольного предпринимателя Ф. Ашингера, с которым Берзарину приходилось иметь дела в связи со снабжением города продовольствием. Однажды Николай Эрастович взял себе в фирме Ашингера дорогой спортивный «Horch» с номерными знаками IA-7001. Вскоре его «Horch» попал в ДТП со смертельным исходом на гоночной трассе под Берлином. В ряде публикаций говорится, что к гибели Берзарина причастно народное ополчение «Werwolf» («Волк-оборотень»), созданное для ведения партизанской войны в тылу Красной армии.