16 октября генерал-майора П.П. Собенникова арестовали, а с постановлением об избрании меры пресечения в виде содержания под стражей ознакомили только 8 ноября. При этом, согласно протоколам, имеющимся в уголовном деле, допросы Петра Петровича проводились еще до возбуждения уголовного дела – 10 и 13 октября, но не по существу обвинения, а только относительно фактов его биографии, круга знакомых и характера взаимоотношений с ними. В период с 8 ноября по 31 декабря по делу не было проведено ни одного следственного действия. Однако такие нарушения законов следователи не принимали во внимание.
Свой рассказ мы продолжим, используя материалы статьи «Не виновен», опубликованной 26 января 2011 г. в газете «Красная звезда». Авторы статьи журналист А. Потехина и старший военный прокурор отдела Главной военной прокуратуры И. Цырендоржиев пишут:
«Следователи пытались доказать его принадлежность к военно-фашистскому заговору, якобы существовавшему и вскрытому в РККА в 1937–1938 годах. Первоначально ему было предъявлено обвинение в совершении преступлений, предусмотренных ст. ст. 58-1б и 58–11 УК РСФСР (измена родине и участие в контрреволюционной организации). По версии следствия, все неудачи Красной армии в первые месяцы Великой Отечественной войны можно было объяснить только предательством. Однако подкрепить обвинение реальными фактами не получалось, поскольку следствие не располагало хоть какими-нибудь объективными доказательствами изменнического поведения Собенникова. Поэтому дополнительно к указанному обвинению притянули его неудачное руководство оборонительными боями возглавляемого им Северо-Западного фронта, а затем 43-й армии Резервного фронта, квалифицировав это как воинское преступление, которое предусматривало уголовную ответственность „за самовольное отступление начальника от данных ему для боя распоряжений, совершенное не в целях способствования неприятелю, но вопреки военным правилам“, т. е. по п. „б“ ст. 193-21 УК РСФСР».
В ходе следствия были допрошены только четверо военнослужащих младшего начсостава 43-й армии, которые каких-либо сведений о преступных действиях генерал-майора Собенникова не привели, а дали показания о недостатках при организации обороны на отдельных участках фронта. В силу своего должностного положения и отсутствия необходимого опыта и знаний, а также из-за их нахождения во время боев далеко от Собенникова дать объективную оценку его действиям как военачальника они не могли. Лица, которые могли подтвердить или опровергнуть показания Петра Петровича о его невиновности, не были установлены и допрошены. Документы, подтверждающие или опровергающие виновность осужденного в содеянном, к материалам уголовного дела не были приобщены и судом не исследовались.
Генерал-майор Собенников отверг обвинение в участии в антисоветском военном заговоре и проведении вредительской работы, направленной на поражение Красной армии в войне, признав лишь, что «благодаря его преступной деятельности противнику удалось рассеять части 43-й армии и совершить прорыв». В судебном заседании 6 февраля 1942 г. Петр Петрович пояснял, что как командующий Северо-Западным фронтом, а затем 43-й армией он ответственен за все поражения, которые понесли его части, что в ходе следствия ему пришлось «воевать» со следователем за каждую формулировку в своих показаниях. Все недостатки в управлении войсками Северо-Западного фронта и 43-й армии, по его словам, имели место, но не были вызваны предательством и трусостью с его стороны или кого-либо из его подчиненных, а явились результатом наступления превосходящих сил немецких войск, беспрерывной бомбежки авиации противника.
По приговору суда П.П. Собенников был оправдан в части его обвинения в совершении контрреволюционных преступлений и признан виновным по п. «б» ст. 193-21 УК РСФСР. Его осудили на 5 лет лишения свободы с лишением государственных наград: ордена Красного Знамени и юбилейной медали «ХХ лет РККА», а также воинского звания генерал-майор. На следующий после вынесения приговора день, рассмотрев ходатайство осужденного о помиловании, Президиум Верховного Совета СССР счел возможным освободить Собенникова от отбывания наказания со снятием судимости. Он был лишен вышеуказанных наград, понижен в воинском звании до полковника и направлен на фронт с формулировкой «для использования на низшей военной работе».
С февраля 1942 г. П.П. Собенников состоял в группе Маршала Советского Союза К.Е. Ворошилова, занимаясь формированием и боевым слаживанием резервных армий. В сентябре Петра Петровича направляют в распоряжение военного совета Брянского фронта, а в ноябре назначают заместителем командующего 3-й армией. В этой должности он полностью реабилитировал себя в ходе военных действий. За отличия Собенников 14 апреля 1943 г. был восстановлен в воинском звании генерал-майор, а 22 февраля 1944 г. ему присвоили воинское звание генерал-лейтенант. Решением Президиума Верховного Совета СССР от 3 мая 1945 г. Петру Петровичу возвратили орден Красного Знамени и медаль «ХХ лет РККА».