Изначально резню возглавили экстремисты из армии хуту, вооруженные огнестрельным оружием. Вскоре они вооружили и стали использовать гражданское население хуту, также ими были установлены контрольно-пропускные пункты, где убивали опознанных тутси. По радио каждого этнического хуту призывали убивать «тараканов» (как прозвали тутси). Расправы вынуждали тутси искать спасения в безопасных местах, однако и там их подстерегали смерть и гонения. В конце концов, когда другие государства выразили протест против массовых убийств, характер пропаганды изменился: теперь вместо призывов убивать «тараканов» жителей Руанды призывали защищаться от всеобщего врага. Чиновников из умеренных хуту, пытавшихся предотвратить резню, игнорировали, запугивали, смещали с постов или убивали. Самые массовые избиения, каждое из которых унесло жизни сотен и тысяч тутси, происходили в церквях, школах, больницах, в правительственных учреждениях — в якобы безопасных укрытиях, где тутси искали убежища. Там их окружали и рубили на куски либо сжигали заживо. Гражданское население хуту активно участвовало в геноциде, хотя точно не известно, сколько гражданских хуту присоединилось к избиению тутси — треть или меньше. В каждом районе начинали убивать военные, используя для этого огнестрельное оружие, в дальнейшем использовались более доступные средства уничтожения, главным образом мачете или дубинки с гвоздями. Убивали жестоко: жертвам отрубали конечности, женщинам отрезали груди, детям разбивали головы о стены; было много изнасилований.
Общественные и религиозные организации, а также иностранцы, которые могли бы воспрепятствовать убийствам, организованным экстремистским правительством хуту, потворствовали террору. Например, многие лидеры католической церкви в Руанде не только не смогли защитить тутси, но даже выдавали их убийцам. В Руанде уже находились небольшие отряды миротворческих сил ООН, но им приказали отойти; правительство Франции послало миротворческий контингент, который сражался против мятежников тутси, вторгающихся в Руанду, на стороне правительства хуту; правительство США от вмешательства отказалось. Объясняя свои действия, и ООН, и Франция, и США ссылаются на «хаос», «неконтролируемую ситуацию» и «межплеменной конфликт», будто происходящее в Руанде является одним из тех межплеменных конфликтов, какие в Африке считаются обычными и допустимыми, игнорируя очевидность тщательной организации массовых убийств правительством Руанды.
За семь недель было убито приблизительно 800 000 тутси, что составляет около трех четвертей от общего числа, проживавших в то время в Руанде, или 11 процентов от всего населения Руанды. Возглавляемая тутси повстанческая армия, Руандийский патриотический фронт (РПФ), приступила к военным действиям против правительства сразу после начала резни. Геноцид прекратился во всех частях Руанды только с прибытием армии РПФ, объявившей о полной победе 18 июля 1994 года. Общепризнано, что армия РПФ была дисциплинированной и не привлекала гражданское население к убийствам, но и она проводила репрессии, правда в гораздо меньшем масштабе, чем породивший их геноцид (приблизительное число жертв репрессий — «всего лишь» от 25 000 до 60 000 человек). РПФ учредил новое правительство, сделав основным направлением политики национальное примирение и единство. Победители призывали жителей Руанды считать себя скорее руандийцами, чем хуту или тутси. Около 135 000 жителей Руанды в конечном счете посадили в тюрьму по подозрению в геноциде, но только немногих признали виновными. После победы РПФ около 2 000 000 человек (в основном хуту) бежали в соседние страны (как правило, в Конго и в Танзанию), тогда как около 750 000 беженцев (преимущественно тутси) вернулись в Руанду (илл. 22).
Считается, что геноцид в Руанде и Бурунди явился результатом ранее существовавшего межэтнического конфликта, раздутого беспринципными политиканами ради достижения собственных целей. Как резюмируется в книге «Не осталось никого, чтобы рассказать: геноцид в Руанде», опубликованной правозащитной организацией «Контроль за соблюдением прав человека», «…этот геноцид не был неудержимой, не поддающейся контролю вспышкой ярости людей, охваченных „древней межплеменной враждой“… геноцид явился результатом сознательного поощрения страха и ненависти современной элитой, стремившейся удержаться у власти. Первоначально эта маленькая привилегированная группа восстановила большинство против меньшинства, чтобы нанести встречный удар растущей политической оппозиции в Руанде. Затем, столкнувшись с успехами РПФ на полях сражений и за столом переговоров, эта облеченная властью группа сменила стратегию, превратив этнические противоречия в геноцид. Эти люди полагали, что массовая резня восстановит единство хуту под их руководством и поможет им выиграть войну…» Поразительно, насколько эта точка зрения верна и в значительной степени объясняет трагедию в Руанде.