Обе страны обрели независимость в 1962 году. С получением независимости хуту в обеих странах начали борьбу за свержение господства тутси. Немногочисленные случаи насилия переросли в жестокую войну между народностями хуту и тутси. В результате в Бурунди тутси удалось сохранить господство после восстаний хуту в 1965 и 1970–1972 годах, в ходе которых тутси уничтожили несколько сотен тысяч хуту. (Здесь неизбежно возникают большие сомнения в точности цифр, а также многих последующих оценок количества убитых и беженцев.) Однако в Руанде хуту взяли верх и уничтожили 20 000 (или, возможно, 10 000?) тутси в 1963 году. В течение следующих двух десятилетий около миллиона жителей Руанды, особенно тутси, бежали в соседние страны, откуда время от времени пытались вторгнуться в Руанду, что в дальнейшем привело к ответным репрессиям против тутси. Так продолжалось до 1973 года, когда генерал Хабьяримана, представитель хуту, осуществил государственный переворот, в результате которого было свергнуто предыдущее правительство, где преобладали хуту, и решил оставить тутси в покое.
Под властью Хабьяриманы Руанда процветала в течение 15 лет и стала излюбленным адресатом для иностранных финансирующих организаций, которые могли бы способствовать улучшению здравоохранения, образования и экономических показателей в стране. К сожалению, экономическое развитие Руанды было остановлено засухой и накапливающимися проблемами окружающей среды (особенно вырубкой лесов, эрозией почв и потерей их плодородности) и окончательно прекратилось в 1989 году из-за резкого снижения мировых цен на главные составляющие экспорта Руанды — кофе и чай, а также из-за строгих ограничений, установленных Всемирным банком. Также на ситуацию повлияла засуха на юге страны. Хабьяримана использовал еще одну попытку вторжения тутси на северо-восток Руанды из соседней Уганды в октябре 1990 года как повод для облавы и уничтожения хуту-диссидентов и тутси по всей Руанде, чтобы усилить влияние своей группировки в стране. В результате гражданских войн около миллиона жителей Руанды были вынуждены переселиться в лагеря для беженцев, где отчаянных молодых людей вербовали в народное ополчение. Мирное соглашение, подписанное в 1993 году в Аруше, предусматривало создание правительства с большими полномочиями и с разделением компетенций. Тем не менее бизнесмены из окружения Хабьяриманы ввезли в страну 581 000 мачете для вооружения хуту, поскольку мачете дешевле пистолетов.
Однако действия Хабьяриманы против тутси и его потворничество убийствам тутси оказались недостаточными для экстремистов хуту (т. е. даже более радикально настроенных, чем сам Хабьяримана), которые боялись, что соглашение в Аруше ограничит их власть. Они начали готовить свое ополчение, ввозить оружие и готовиться к истреблению тутси. Страх руандийских хуту перед тутси явился результатом многолетнего господства тутси над хуту, многочисленных вторжений в Руанду, возглавляемых тутси, массовых убийств хуту, устроенных тутси, а также убийств отдельных политических лидеров хуту в соседней Бурунди. Этот страх усилился в 1993 году, когда в Бурунди офицеры-экстремисты (тутси) убили президента, представителя хуту, что вызвало расправы хуту над бурундийскими тутси. Эти расправы в свою очередь послужили причиной еще более масштабных убийств бурундийских хуту представителями тутси.
Ситуация достигла апогея вечером 6 апреля 1994 года, когда президентский реактивный самолет, на борту которого находились президент Руанды Хабьяримана и временный президент Бурунди (он сел в самолет в последний момент перед отлетом), возвращавшиеся со встречи в Танзании, был сбит двумя ракетами при посадке в аэропорту Кигали, столицы Руанды. Никто не выжил. Ракеты были выпущены неподалеку от аэропорта. По сей день остается неясным, кто и почему сбил самолет Хабьяриманы; несколько группировок имели причины для убийства президента. Неясно, кто стоял за этим преступлением, однако сразу после трагедии экстремисты хуту приступили к выполнению разработанного в деталях плана по убийству премьер-министра, этнического хуту, а также других умеренных членов демократической оппозиции, в том числе не настроенных столь радикально, и, разумеется, тутси. Уничтожив оппозицию хуту, экстремисты захватили здание правительства и радиостанцию и обратились к населению с призывом истреблять руандийских тутси, которых все еще насчитывалось около миллиона, несмотря на то что многие уже были убиты раньше или бежали.