Со времен предательства Милета Фокея была центром национального сопротивления варварам. После первой победы персов на берегу Галиса фокейцы направили в Спарту посла по имени Пиферм, чтобы проинформировать спартиатов о положении ионийских греков и запросить у них энергичной помощи. Пиферм предстал перед руководителями Спарты в пышных одеяниях, достойных фокейцев. Он говорил о солидарности, которая должна объединять эллинов по обе стороны Эгейского моря и проливов, об опасности, какую представляет усиление персов, и об отрицательных последствиях для благополучия региона. Речь его не имела отклика. Спартиаты, никогда не отказывавшиеся помочь Крезу, угнетателю ионийцев, ныне отказывались как-либо помочь самим грекам. Но, чтобы показать, что они сочувствуют фокейской просьбе, спартиаты решили ответить политическим демаршем. Они направили Киру посла с поручением дать понять персу, что всякое нападение на малоазийских греков будет рассматриваться как агрессия против самой Греции. Кир, полагая, что европейские греки — то же, что и азиатские, нашел их заявление смехотворным и заявил: «Если буду здоров, у них будет больше оснований позаботиться о собственных бедах, чем о бедах ионийцев».
Этот обмен посланцами, первый политический контакт между греками и персами, независимо от его итогов означал, что правление Кира было отныне признано.
Когда настало утро, к великому своему удивлению, персы обнаружили, что город Фокея пуст, в нем не было жителей. Погрузив в свои длинные и быстрые суда жен, детей, статуи богов и все имущество, фокейцы ушли в море. Они покинули родную землю без надежды на возвращение, чтобы не покориться варварам. После многочисленных остановок, в частности на острове Хиос, они направились к западу и после длительного путешествия, невзирая на капризы моря и всевозможные опасности, добрались до острова Кирнос, впоследствии известного как Корсика. Через несколько лет фокейцы смело выступили против карфагенских захватчиков и разбили их в окрестностях Регии (Реджо-ди-Калабрия). Позже они направились на север и высадились на побережье, где жили кельты, там они основали порт возле города, позже названного Марсель.
Примеру Фокеи последовал другой ионийский город. Жители Теоса, понимая, что сопротивляться персам они не могут, и уверенные, что невозможно никакое сосуществование с этими варварами, отправились во Фракию и обосновались близ города Абдеры, неподалеку от золотых приисков Пангеи. Абдеры были знамениты тем, что там рождались только идиоты, чем город и прославился на всю Грецию. Новые поселенцы превратили Абдеры в культурный и интеллектуальный центр, тогда как города Ионии, Эолии и Карии один за другим были завоеваны персами.
Постепенно Гарпаг открыл для себя истину, что «этот купеческий народ, любящий поболтать», имел способности к военному делу. Правда, ионийцы не питали никаких иллюзий по поводу мирных намерений своих противников. Персы полагали, что перед ними были торгаши, лишенные каких-либо воинственных желаний, а малоазийские греки считали, что имеют дело с жестокими варварами, способными только разрушать. На самом же деле и ионийские греки умели сражаться, и персы были готовы предложить мирные условия, не менее выгодные для греков, чем те, что у них были во времена Мермнадов. Однако недоверие — вещь упрямая, и Гарпагу пришлось прибегать ко всем своим военным талантам и к героизму своих войск, чтобы занимать города, жители которых считались неспособными ни к каким боевым действиям.
Взятие каждого города, поселка и населенного пункта требовало от Гарпага настоящих полководческих усилий. Но ионийцы очень скоро поняли, что персидские солдаты отличаются от лидийских. Эти последние организовывали свои атаки, главным образом, в расчете на действия конницы, у Гарпага же были более разнообразные силы и средства. Вокруг городов, занять которые он стремился, он мог организовать осаду и с суши, и с моря. Персидский военачальник не был связан ни с какими правилами ведения войны, соблюдаемыми греками, в том числе игнорировал принцип неприкосновенности святилищ.