Уже к началу XVII века почти все население Филиппинских островов в районах испанского господства было обращено в христианство. Это открывало перед монашескими орденами новые возможности эксплуатации.
«Наряду с жестоким насилием — все козни религии, наряду со страхом перед пытками — все ужасы отлучения от церкви и отказа в отпущении грехов, все интриги исповедальни, — все приходило в движение, чтобы вырвать у подданного последний грош…» Непосильные поборы за церковные обряды, под угрозой отлучения от церкви, ложились дополнительным бременем на филиппинский народ.
Нередко священники-монахи по целым неделям не позволяли хоронить покойников, если родственники не соглашались уплатить требуемой за обряд погребения суммы. Чтобы устрашить и наказать суеверных родственников и односельчан, монахи не останавливались даже перед извлечением из могил уже похороненных трупов. Этот способ воздействия на прихожан испанские монахи на Филиппинах сохранили до конца своей власти. В знаменитом романе Хосе Ризаля «Не касайся меня» такая судьба постигает труп отца героя. Впоследствии Ризалю пришлось столкнуться с этим и в жизни.
Одно из крупнейших восстаний филиппинского населения — восстание на острове Бохол в 1750 году — имело своим непосредственным поводом подобный поступок всесильного иезуитского патера Моралеса. Моралес заставлял крестьян платить громадную арендную плату за землю, работать в монастырских имениях неограниченное время, вносить непосильные суммы за требы. Многие из жителей бежали в горы, чтобы скрыться от жестокости патера. Один из беглецов был убит по приказанию иезуита, и тело его, лишенное христианского погребения, брошено на дороге. Брат убитого филиппинца Дагохой вошел в историю как вождь восставшего крестьянству Бохола. Он отомстил патеру и за издевательство над трупом и за все вековые обиды и притеснения испанских монахов иезуит был убит населением, и его труп постигла та же участь, какую он готовил брату Дагохоя. В течение тридцати лет отстаивал восставший народ свою независимость. В течение тридцати лет сопротивление населения Бохола не могли сломить все карательные экспедиции испанских властей.
На протяжении нескольких веков испанского господства восстания филиппинского населения не прекращались. В первое время после завоевания во главе восставших часто становились вожди племен и феодалы, лишенные прежней власти.
После того, как потомки прежней феодальной и племенной верхушки находили себе место в колониальной системе и превращались в низшие звенья колониального аппарата, стихийная борьба филиппинского крестьянства продолжала идти своим чередом.
Почти до конца XVIII века политика испанского абсолютизма в отношении филиппинского народа оставалась неизменной.
Но былая мощь и величие испанской монархии уже давно были поколеблены. В Европе Испанию оттеснил голландский, а затем английский капитал. Вынужденная отступать перед натиском более развитых стран, Испания пыталась защищать свое монопольное положение в колониях, стремилась оградить хотя бы их от иностранного вторжения. Но иностранные товары проникали обходными путями под испанскими флагами и испанскими фирмами. В американских колониях Испании Англия и освободившиеся от английской зависимости Северо-Американские Соединенные Штаты завоевывают все более крепкие позиции.
Развитие капитализма в Европе и рост потребления колониальных продуктов меняют формы эксплуатации колоний. Колонии превращаются главным образом в рынки сбыта готовой продукции фабричной промышленности, в источники колониального сырья. Испанское правительство, теряя почву в своих американских владениях, впервые пытается использовать как источник колониальных продуктов Филиппины. В конце XVIII века создается привилегированная королевская компания, большая часть капитала которой принадлежит королю. Компании предоставляется исключительное право ведения торговли между Испанией и Филиппинами. В самой колонии испанский абсолютизм пытается, сохраняя монопольные формы эксплуатации, развивать производство таких продуктов как кофе, тростниковой сахар, какао, хлопок, табак. Вводится табачная монополия, основанная на принудительной культуре табака крестьянами определенных районов. Крестьяне в провинции Изабелла и Кагайан обязаны сеять на своих полях табак и сдавать его правительству по низкой цене. Табак вытесняет рис, крестьяне голодают. Но и на Филиппины, в свою последнюю колониальную цитадель, Испания вынуждена открыть доступ капиталу более развитых стран. В начале XIX века первые английские и американские фирмы получают разрешение на организацию торговых контор на Филиппинах. Порт Манилы впервые открывается для торговых европейских и американских судов, хотя им еще не разрешено ввозить товары европейской и американской промышленности.