Назначенный генерал-губернатором Новороссии, азовским и астраханским, с присущей ему энергией принялся обустраивать Причерноморье. В 1778 году неподалеку от устья Днепра заложил город и порт Херсон. Минул всего год, и на первом стапеле Херсонской верфи заложили первенца Черноморского флота 66-пу-шечный линейный корабль. В заслугу усилий графа Григория Петровича, по присоединению Крыма к России, в 1783 году он был пожалован светлейшим князем Таврическим. Херсон обустраивался, сооружали новые стапели, закладывали линейные корабли и фрегаты, которые ждали пополнений из российской глубинки. На берегу, неподалеку от верфи, вырос порт, единственный на Черном море. К его причалам швартовались купеческие торговые суда из Ливорно и Неаполя, Франции, Архипелага, Бейрута и Константинополя. У причалов не хватало места. Купеческие шхуны ожидали своей очереди на рейде Днепра. Карантина в Херсоне пока не создали. Командир порта, нерасторопный и бесхозяйственный капитан 1-го ранга Овцын, принимал все на слово, вокруг него шныряли мздоимцы и мошенники, а в Адмиралтействе на стапелях работы велись кое-как. Потемкин уволил Овцына, вместо него назначил генерал-майора Муромцева. Ушел в отставку и основатель Херсона, главный командир крепости, генерал-поручик Иван Ганнибал. На смену ему прибыл из Севастополя командующий флотами Черного и Азовского морей вице-адмирал Федот Клокачев. Бывалый моряк, герой Чесмы не привык тянуть канитель. Первым делом навел порядок в порту, где прежний начальник, как заметил сразу Клокачев, «ни приходного, ни расходного счету не знал, и охотники не пропустили случая в мутной воде рыбу ловить». Оживилась работа на стапелях, веселей зазвенели плотницкие топоры, завизжали звонче пилы, запылал ярче огонь в кузнях, проворнее застучали молотобойцы.
Отзвук с Херсонских стапелей докатился до завистливой Европы. Одними из первых всполошились французы. Министр иностранных дел Вержени спешно оповестил европейские страны, запугивая русской угрозой: «Крым лишь первая станция русских на пути к Босфору, и поэтому должно его отстоять, а в крайнем случае, хотя не допускать русского военного флота в Черное море».
Екатерина II вначале не придавала значения попыткам западных держав натравить турок на Россию и успокаивала Потемкина: «Отовсюду слышу, что турки вооружаются, но друзья их удержат до времени».
Но уже спустя два месяца императрица встревожилась. «Я точно знаю, — делилась она тревогами с Потемкиным, — что французы манят Порту недопущением флота нашего в Архипелаг и ссудою офицерами». Не отставала от французов и Англия, на пути интересов которой, в Индию и на Ближний Восток, появлялся новый противник на море.
Усилия явных и скрытых недругов России сказались скоро. В нарушение мирного договора турецкий флот пытался высадить десант на Кинбурнскую косу, огибавшую с юга Днепровский лиман. Турки знали, что эта безлюдная песчаная коса, протянувшаяся на 30 с лишним миль на запад, оберегает подходы к Херсону. Но турецкая эскадра припоздала. Год тому назад, предупрежденный главнокомандующим армией в Крыму и на Кубани, генерал-фельдмаршалом Петром Румян-цевым-Задунайским, генерал-поручик Александр Суворов скрытно соорудил укрепления и развернул батарею на Кинбурнской косе.
Растерялся капудан-паша, но рисковать не стал, удалился с эскадрой в море. В том же, 1782 году, опять нарушая мирный договор, турецкие полки перешли на правый берег Кубани и заняли Тамань. Все бы ничего, земли нейтральные, но неопрятные янычары занесли в Прикубанье страшную заразу, чуму. Видимо, на какой-то фелюге турецкой ранней весной «моровая язва», как простой народ окрестил чуму, заползла в Таганрог, на противоположный берег моря. И со страшной силой понеслась эта зараза по прибрежным селениям. Полезла чума и в Полтаву, Елизаветград, Екатеринослав, Кременчуг. Не миновала лихоманка и Севастопольские бухты. В разгар лета чума унесла сотни жизней егерей на берегу. Недавно назначенный командиром порта контр-адмирал Фома Мекензи, прирожденный англичанин, жаловался графу Чернышеву: «Я всего оного избегаю по спасению всего общества, оставил всех штаб-и обер-офицеров и служителей на судах, кроме тех, кои у печения хлебов и других надобностей… А притом и для покупки мяса посылать некого за оказавшейся в лежащих в близких расстояниях татарских деревнях, даже и в полках великой болезни». Докатилась-таки «моровая язва» и до Херсона. За пять месяцев, с мая по сентябрь, только из числа матросов и мастеровых на Херсонской верфи чума унесла жизни 385 человек, а горожан погибло несчетно много тысяч…
На море Клокачева никто не мог упрекнуть в нерешительности или неуверенности. Когда в Хиосском бою, при Чесме, флагман Спиридов по недоразумению засомневался в Клокачеве и крикнул ему знаменитое: «Поздравляю вас матросом!» — капитан 1-го ранга Клокачев доказал своими действиями и отменной личной храбростью ошибочность суждения о нем адмирала Спиридова…