Сменив несколько частных школ в Англии, где Элджернон не особенно преуспел в науках, родители отправляют его в Германию, обучаться в Шварцвальдском пансионе Моравских братьев. В этой школе протестантов-евангелистов царили весьма суровые порядки. Обучение было раздельным, одновременно занималось около 80 мальчиков и 60 девочек. Большинство учеников приехали из Франции, около четверти – из Великобритании, однако разговаривать на родном языке дозволялось только первые три дня; начиная с четвертого все разговоры могли вестись только по-немецки, переход на другой язык наказывался уменьшением порции обеда вдвое. Спать укладывались в 8:30 вечера, подъем имел место в половине шестого утра, а в шесть начинались занятия, причем опоздания наказывались также уменьшением порции обеда. Однако в течение дня было несколько больших перемен для разминки и спортивных занятий, дети регулярно ходили в походы. Два раза в год, в каникулы, устраивался многодневный выход в лес. К ученикам относились ровно, воспитывая в них ответственность и уважение к товарищам. Моравские братья верили, что исключительно важно развить самосознание учеников, много времени уделялось медитации. Аскетический, но здоровый образ жизни с полноценным питанием и частыми прогулками укреплял здоровье учеников – болезни были крайне редки. И, по существу, год, проведенный в Шварцвальде, пошел Элджернону на пользу: он стал организованнее, у него появились друзья, укрепился характер. Развилось и общение с природой, отчего он впоследствии вспоминал пансион, несмотря на все тамошние строгости, тепло и с уважением.
Летом 1886 года он вернулся домой семнадцатилетним юношей, ищущим для себя ответы на вопросы в мире, отнюдь не ограниченном христианскими догматами. Отец проявлял терпимость, считая, что наилучшим способом укрепления веры будут участливые беседы и что сын перерастет тягу к мирским соблазнам. На лето семья отправилась в Шотландию, к школьному другу отца Маклауду, в замок Данвеган, и там, среди поверий о волшебном народе гор, у Элджернона укрепилось пантеистические представления, согласно которым люди – не единственные существа на планете, отражающие «дух Земли». Отец любил также рассказывать ему нравоучительные истории об опасности общения с миром духов, которые, однако, возбуждали у впечатлительного юноши лишь больший интерес к этой теме. А когда ему попала в руки книга «Афоризмы йогов» Бхагвана Шри Патанджали, оставленная случайно одним из знакомых отца, который писал обличительный памфлет против буддизма как «аморального восточного учения», эта тонкая книжечка, обещавшая молодому Блэквуду, что с помощью медитации он сумеет обрести мир в душе и обострить восприятие всего, «от самого малого до самого великого», а также постигнуть смысл целого, была истинным спасением для него.
На следующий год его вместе с кузеном, который был на несколько лет старше, послали учиться французскому языку в Швейцарию. Там, в пансионе пастора Луи Ланжеля, помимо французского, Элджернон также научился пчеловодству и совершенствовался в игре на скрипке. Хотя профессиональным скрипачом он так и не стал, скрипка всегда сопровождала его в путешествиях и помогала выйти из депрессии. Истинное облегчение, даже экстаз, Блэквуд испытывал при общении с природой – он часто в одиночку уходил в лес, ощущал мощь жизни вокруг и мучился тем, что не знает, как передать свои чувства природе. Много десятилетий спустя учившийся вместе с ним у Ланжеля Перси Радклифф писал, вспоминая ночную прогулку в горы, которой юноши решили отметить юбилей королевы Виктории, о встрече рассвета на вершине, откуда им открылась великолепная панорама Альп. И постоянно, научившись бегло читать по-немецки и по-французски, Блэквуд искал книги, которые утоляли бы его голод по путям к неведомому: символисты Поль Верлен и Эмиль Верхарн, немецкие философы и поэты, среди которых он выделял особенно Новалиса. Самым же любимым автором стал Шелли, чьего «Освобожденного Прометея» он знал наизусть. Именно тогда он открыл для себя Густава Фехнера, чей духовный последователь Анри Бергсон вскоре выдвинул идею расовой памяти. За «Афоризмами йогов» последовали «БхагаватТита» и «Упанишады».
Мечта покинуть дом крепла. Он любил родителей, но постоянно испытывал сомнения в собственных возможностях, а также опасение не оправдать возлагавшихся на него ожиданий. Богатые и родовитые родственники, такие как генерал-губернатор Австралии лорд Кинтор, генерал-губернатор Канады лорд Дафферин, лорд-мэр Лондона сэр Ричард Доббс, не оставляли Блэквудов своим вниманием, и юноша воспользовался одним из таких визитов, чтобы высказать желание попробовать свои силы вдали от дома, в Америке. У отца был участок в Канаде, поэтому он согласился. А тут выдался случай совместить частную поездку со служебной, для развития почтовых сообщений, и вот 7 августа 1887 года они с отцом отплывают в Америку на пароходе «Этрурия».