На особом положении оказались Нагие, принадлежавшие к дворовым и возвысившиеся в опричнину. Они составляли «партию» царевича Дмитрия, которая при царе Федоре не имела шансов получить доступ к власти. Тем не менее бояре решили первым делом нейтрализовать родню младшего наследника, а затем и его самого. «Новый летописец» сообщает, что в ночь после смерти Ивана Грозного Нагих арестовали по обвинению в измене, разослали по темницам и в ссылку, разорили их дома и раздали поместья. Инициатором расправы над Нагими летописец называет царского шурина Бориса Федоровича Годунова. Очевидно, опала коснулась не всех, а некоторых членов рода. Вслед за этим царевич Дмитрий и его мать царица Мария Федоровна были отправлены «на удел», в Углич. С ними выслали отца царицы Федора Федоровича Нагого и его сыновей Михаила и Григория. Судя по записи в дворцовой расходной книге об отпуске в Углич столового и постельного белья с «царицею Марьею, да с царевичем Дмитрием», это произошло 24 мая 1584 года. Контролировать Нагих должен был правительственный агент дьяк Михаил Михайлович Битяговский. Глава клана Афанасий Федорович Нагой, искусный дипломат и приближенный Ивана Грозного, был отправлен в ссылку в окрестности Ярославля.
Избавившись от Нагих, бояре занялись друг другом. Составленная Иваном Грозным конструкция из двух «партий» (земской и дворовой) развалилась. Историк А. П. Павлов установил, что дворовые любимцы Грозного – думные дворяне – распоряжались делами в последние годы жизни царя, оттеснив более знатных вельмож. Аристократы Шуйские, скованные одной цепью с Бельским, Зюзиным, Алферьевым и прочими опричными деятелями, тяготились таким соседством. При первой же возможности они объединились с земскими, чтобы свалить ненавистных выскочек.
Поводом к конфликту стало местничество казначея Петра Ивановича Головина и думного дворянина Богдана Яковлевича Бельского (2 апреля 1584 года при приеме польского посла Л. Сапеги). Бельский, по-видимому, являлся главой дворовой «партии». Любимец Грозного, он пользовался его неограниченным доверием. С 1581 года он не только был оружничим, но и управлял царской аптекой и подавал царю составленное докторами лекарство. В его ведении также состояли колдуны и предсказатели, к которым обращался мнительный царь. Своим высоким положением Богдан был обязан царской милости и привязанности Грозного к покойному Малюте. Бельский был человеком амбициозным и деятельным. «Пискаревский летописец» указывает, что именно он выступил инициатором местнического спора:
Того же го[ду] 92‐го <…> почал в боярех мятеж быти и разделение: боярин князь Иван Федорович Мстисловской с сыном со князем Федором да Шуйския, да Голицыны, Романовы да Шереметевы и Головины, и иныя советники. А Годуновы, Трубецкия, Щелкаловы и иныя их советники, и Богдан Бельской. И похотел Богдан быти больши казначея Петра Головина. И за Петра стал князь Иван Мстисловской с товарищи и все дворяне, а за Богдана Годуновы. И за то сталася прека межу ими. И Богдана хотели убити до смерти дворяне, токо бы не утек к царю назад.
Любопытно, что раскололась и земская группа: влиятельные дьяки, братья Андрей и Василий Яковлевичи Щелкаловы, возвысившиеся в опричнине, приняли сторону Бельского и Годуновых.
Бельский попытался обороняться, ввел в Кремль «дворовых» стрельцов и приказал затворить ворота. По свидетельству польского посла Сапеги, Богдан уговаривал царя Федора вернуться к опричнине. Бояре подняли против Бельского посадских людей и дворян. В «мятеже» участвовали московские, выборные и городовые дворяне. Носились слухи о том, что Бельский и Борис Годунов отравили Ивана Грозного.
И вражиим наветом некой от молодых детей боярских учал скакати из Большего города (Кремля. – С. Ш.), да вопити в народе, что бояр Годуновы побивают. И народ всколебался весь без числа со всяким оружием. И Большого города ворота заперли. И народ и досталь всколебался, и стали ворочати пушку большую, а з города стреляти по них («Пискаревский летописец»).
«Большая пушка», упоминаемая в летописце, – предшественница Царь-пушки, установленной рядом с Лобным местом на Торгу (Красной площади) в 1586 году.