14 июля 1608 года, ровно через год со дня первого его появления на острове, Караваджо был удостоен звания кавалера Мальтийского ордена с оговоркой «за заслуги» и правом носить меч, но никак не «верноподданнический крест», поскольку он не имел дворянского происхождения. Эта оговорка покоробила новоявленного кавалера ордена, зато приятно было слышать, как глашатай громко называл его выдающимся мастером и новым Апеллесом современности. В силу своих заслуг Караваджо не нужно было проходить обязательный годичный испытательный срок так называемой «караванной» службы, которую все новички несли на военных галерах, или посещать занятия по углублённому изучению основ католицизма. После торжественного акта посвящения среди поздравивших его лиц к нему подошёл с кислой улыбкой Фабрицио Сфорца, сказавший, что его матери, маркизе Колонна, будет приятно узнать об этой новости.
Коронным произведением Караваджо, созданным на Мальте за короткое время, бесспорно, является «Усекновение главы Иоанна Крестителя» (361x520), написанное по заказу того же магистра Виньякура, чей герб помещён на раме картины. Образ Предтечи был дорог художнику, и он неоднократно обращался к нему, особенно когда над ним самим вдруг навис смертный приговор и в любую минуту можно было лишиться головы. Теперь творец и его любимый герой сравнялись ролями, и обоих ждала печальная участь. Это великое творение было создано для примыкающего к собору нового вытянутого в длину здания Оратории, где мальтийские рыцари читали псалмы. Там же совершались акты торжественного посвящения в члены ордена, где совсем недавно Караваджо пережил незабываемые минуты гордости и глубокого удовлетворения.
Занимающее почти всю торцовую стену огромное полотно поражает своим трагизмом. Это одно из самых личных творений мастера, в котором отражено евангельское изречение «Мне отмщение, и Аз воздам». На нём впервые Караваджо оставил автограф. Внизу можно прочесть имя, написанное каплями крови, вытекающей из перерезанного горла Крестителя:
Здесь, как и в «Призвании апостола Матфея», чётко организованное реальное архитектурное пространство поделено на три части. На фоне стены с мощной аркой над железными воротами развёртывается трагическая сцена на внутреннем тюремном дворе. В центре картины на переднем плане простёртый на земле обнажённый Креститель со связанными за спиной руками и перерезанным кровоточащим горлом. Злодейство свершилось, и Иоанн мёртв. Всем своим видом он выражает великое таинство перехода из земного мира в вечность. Прижимая его голову к земле, над ним склонилась крепкая фигура палача, который выхватил из ножен за спиной нож, готовясь обезглавить казнённого. Слева напротив арки тюремщик с ключами на поясе, указывающий палачу, куда положить отрезанную голову. Её собирается принять пригнувшаяся с латунным блюдом в руках простоволосая девушка с высоко засученными рукавами полотняной рубашки, которая никак не походит на Саломею, дочь царя Ирода. Всё выглядит на удивление привычно и буднично, словно по написанному сценарию, и лишь старая седовласая женщина, прижав к лицу руки, чтобы не видеть чудовищное злодеяние, еле сдерживает крик ужаса. Главное внимание приковано к этой кровавой сцене, композиционно построенной по дуге, с которой зловеще рифмуется мощная рустованная арка входных ворот. Любого, кто через них войдёт сюда, неминуемо ждёт смерть. Над мрачной аркой вполне правомерны были бы знаменитые слова Данте, начертанные над вратами Ада: «Оставь надежду всяк сюда входящий».
Картина производит впечатление разыгрываемой на подмостках трагедии в приглушённых тонах. Выделяются лишь пурпурная накидка, прикрывающая наготу Крестителя, и ядовито-зелёный цвет куртки тюремшика. Без резких переходов свет плавно скользит по фигурам, оставляя в тени верхнюю часть полотна. Чтобы уравновесить композицию, вытянутую по горизонтали, справа дано мрачное окно, сквозь решётку которого два узника, вытянув шеи, следят за казнью, которая уготована и им. Ничто не поможет бежать из этого каменного мешка — даже опущенный сверху канат, болтающийся над окном и крепко привязанный к кольцу, вмурованному в стену. Всё говорит о том, что картина писалась в каком-то странном предчувствии и с таким неистовством, что на ней кое-где проглядывают участки загрунтованного холста, не покрытые краской. Изобразив казнь Иоанна Крестителя, Караваджо словно сам себе вынес смертный приговор.