Причин для опасений было достаточно, и предупреждающий звонок уже прозвучал, когда был решительно отвергнут первый вариант центральной картины в Сан-Луиджи деи Франчези. К обретшему славу молодому художнику давно присматривался один из влиятельных кардиналов римской курии Оттавиано Паравичино, ратовавший в своё время за учреждение наравне с Индексом запрещённых книг Индекса запрещённых картин, чтобы установить более жёсткий контроль над деятельностью художников. «Маленький горбун в сутане», как его величали за глаза, будучи папским нунцием в Швейцарии, отличился разоблачением бежавших туда от суда инквизиции еретиков, многие из которых были сожжены по его наводке на костре. В домах римских меценатов и коллекционеров Джустиньяни, дель Монте и Маттеи въедливый прелат видел «Всепобеждающего Амура», «Юного Иоанна Крестителя» и другие работы, в необычной трактовке которых без труда узрел дерзко брошенный вызов официальным представлениям о живописи. Его поразила и откровенная эротика картин, заставившая кардинала Паравичино, словно учуявшего добычу пса, насторожиться и более внимательно приглядеться к их автору. Своими опасениями о том, что молодой художник, пользуясь покровительством высокопоставленных лиц, утверждает в искусстве крамольные идеи, горбун поделился с главным идеологом ордена иезуитов кардиналом Беллармино, чья зловещая фигура наводила трепет на ближайшее окружение самого папы. Караваджо вскоре пришлось ощутить звериный оскал папских ищеек и повышенный интерес иезуитов к собственной персоне.
При первом взгляде на картину «Взятие Христа под стражу» бросается в глаза, как подобно вихрю некая сила справа толкает людей к стоящему Христу, который скрестил перед собой пальцы рук, словно защищаясь от нахлынувшей на него волны зла в лице двух вооружённых до зубов римских легионеров и ученика-предателя, обнявшего Учителя в стремлении запечатлеть на святых ланитах свой подлый поцелуй. Другой ученик — а это юный Иоанн, — крича от ужаса, убегает с поднятыми кверху руками, и один из легионеров тщетно пытается удержать его за развевающийся шарф. Ночная сцена освещена зажжённым фонарём, который высоко держит над головой заметно помолодевший Караваджо. Изобразив себя на картине, он пожелал подчеркнуть свою прямую причастность к происходящему, стремление без страха пролить свет на творимое зло. Приблизив к переднему плану фигуры главных персонажей с их резкими движениями на тесном пространстве холста, автор вовлекает и нас, зрителей, в водоворот страстей, показывая тем самым, что каждый человек, живущий в этом прекрасном и жестоком мире, может оказаться перед неодолимым искушением греха. Блики света на стальных латах и шлемах римских легионеров со следами ржавчины ярко подчёркивают противопоставление освещенных и остающихся во мраке участков картины, чем и достигается её впечатляющая динамичность.
В изображении Христа заметна определённая эволюция, в ходе которой художник продолжает свой поиск в стремлении добиться наибольшей выразительности образа. Главное внимание на картине уделено фигурам Христа и Иуды, олицетворяющим саму суть искусства Караваджо, главная цель которого — высветить и вскрыть извечную несовместность Добра со Злом. Двадцать семь лет спустя в Риме объявится Веласкес, которому было столько же лет, как и Караваджо, когда он писал «Взятие Христа под стражу». В ту пору ещё можно было увидеть некоторые основополагающие его творения, и Веласкес, безусловно, ознакомился с ними, что нашло отражение в ряде его превосходных работ римского периода.
Быстро справившись с поцелуем Иуды, художник продолжил работу над досками для капеллы кардинала Черази, поскольку сроки поджимали. Однажды вместе со своими покровителями Джустиньяни и Маттеи ему довелось вновь побывать в Ватиканском дворце на одном светском приёме, устроенном папой Климентом VIII. В капелле Паолина Караваджо с удивлением увидел подпорченные влагой после пожара крыши последние фрески Микеланджело, написанные в 1550 году на те же евангельские сюжеты. В этом неожиданном совпадении он узрел определённый знак судьбы. Получалось, что великий мастер бросал вызов, который был с честью принят его молодым собратом по искусству.
Он отказался от «высокого стиля» великого предшественника, на двух фресках которого присутствует множество персонажей, ставших участниками и свидетелями развернувшейся перед их взорами трагедии, обретшей космический размах и звучание. Караваджо пошёл своим путём. Решительно отвергнув всякую условность, он стремился к достижению предельной объективности изображения на двух огромных досках. Но 5 мая 1602 года ему смешала все карты неожиданная смерть кардинала Черази. Заказчику не суждено было увидеть законченной свою капеллу. Врач Манчини, близкий к кругам церковной верхушки, поведал, что ещё нестарого прелата сгубило его чрезмерное чревоугодие — порок, весьма распространённый среди священнослужителей.