Когда за несколько минут до гибели в броненосец попало одновременно несколько снарядов, один из которых взорвался об носовую башню, часть матросов, стоявших за башней, бросилась за борт и нечаянно столкнула в море стоявшего у борта офицера (автора воспоминаний — В. Ш.). Сигнальщик Агафонов, увидев, что офицер, отдавший ему свой спасательный круг, упал в море, без какого бы то ни было спасательного средства с револьвером и биноклем на шее, не задумываясь, бросился с верхнего мостика, с высоты 42 футов, за борт на помощь к погибавшему офицеру.
«Адмирал Ушаков», перевернувшись, шел ко дну. Кто-то из плавающих матросов крикнул: «Ура „Ушакову!“ — с флагом ко дну идет!» Все бывшие в воде ответили громким долгим «ура», и действительно: до последнего мгновения развевался Андреевский флаг. Несколько рай был он сбит во время боя, но стоявший под флагом часовой, строевой унтер-офицер Прокопович, каждый рай вновь поднимал сбитый флаг. Когда разрешено было спасаться, старший артиллерийский офицер лейтенант Николай Николаевич Дмитриев в мегафон крикнул с мостика Прокоповичу, что он может покинуть свои пост, не ожидая караульного начальника или разводящего, но Прокопович, стоя на спардеке вблизи кормовой башни, вероятно, оглох за два дня боя от гула выстрелов и не слыхал отданного ему приказания. Когда же к нему был послан рассыльный, то он был уже убит разорвавшимся вблизи снарядом.
Броненосец «Адмирал Ушаков» переворачивался, валясь на правый борт. На правом ноке грот-реи непобежденно развевался Андреевский флаг. Перевернувшись, корабль еще немного продержался на воде. Из кормовых кингстонов высоко в воздух били два фонтана воды. «Ушаков» рванулся вверх, будто в последней попытке вырваться из смертельных объятий, и в одно мгновение скрылся в огромном водовороте… Перед погружением в корпусе раздался взрыв: видимо, это взорвались котлы. Броненосца береговой обороны «Адмирал Ушаков» больше не существовало.
Тем временем японцы, взбешенные упорством маленького броненосца, продолжали расстреливать плавающих в воде людей. Чудом уцелевший лейтенант Дитлов вспоминал: «В воде всюду плавали люди, вот целая группа уцепилась вокруг большого спасательного круга! В это время перелетевший снаряд разорвался в самой середине этой группы: поднялся водяной, кровавый столб, во все стороны полетели руки, ноги, головы, а вокруг отчаянный вой перелетов, удары попавших снарядов, крики раненых… какая-то игра смерти».
Из воспоминаний капитана 2 ранга А. Транзе:
«После того как „Адмирал Ушаков“ скрылся под водой, японцы еще некоторое время продолжали расстреливать плавающих в море людей. Прекратив, наконец, стрельбу, они не сразу, а значительно позже, вероятно, получив по радио приказание, спустили шлюпку и приступили к спасению погибающих. Спасали долго и добросовестно, последних, как говорили, подобрали уже при свете прожекторов».
Одним из осколков был тяжело ранен в плечо и Миклуха-Маклай. От большой потери крови он быстро слабел… А. С. Новиков-Прибой так описывает последние минуты жизни командира броненосца «Адмирал Ушаков» в своем романе «Цусима»: «Командир постепенно изнемогал, а через некоторое время матросы, поддерживающие его, заметили, что у него беспомощно свешивается голова. Он слабо проговорил:
— Оставьте меня. Спасайтесь сами. Мне все равно погибать…
И командир закрыл глаза. Больше он ничего не говорил. Но матросы еще долго плавали около него…»
В японских газетах смерть командира «Ушакова» была описана несколько иначе: «…Когда к плавающему в море командиру броненосца подошла японская шлюпка, чтобы спасти его, Миклуха по-английски крикнул японскому офицеру:
— Спасайте сначала матросов, потом офицеров!
Когда же во второй раз подошла к нему шлюпка, он плавал уже мертвый на своем поясе».
Еще одна версия гибели командира «Ушакова». Из воспоминаний лейтенанта Н. Н. Дмитриева: «…Его видели в воде со спасательным поясом, но лежащим на спине и вероятно уже мертвым, так как плавать на спине тогда не было никакой возможности — огромная зыбь заливала с головой и заставляла захлебываться. Кто-то из наших матросов видел потом Владимира Николаевича около японской шлюпки, на которую якобы японцы не взяли за неимением места…»
Примерно ту же версию смерти Миклухи описывает и капитан 2 ранга А. Транзе: «В японских газетах при описании боя и гибели броненосца „Ушаков“ было напечатано, что когда к плавающему в море командиру броненосца подошла японская шлюпка, чтобы спасти его, Миклухо-Маклай по-английски крикнул японскому офицеру: „Спасайте сначала матросов, потом офицеров“. Когда же во второй раз подошла к нему шлюпка, он плавал уже мертвый на своем поясе.