Сразу после первых наших публикаций о хронологии, в 1981 году, состоялось собрание Отделения истории АН СССР (29 июня 1981 года), специально посвященное критике наших работ. В официальном письме, направленном А.Т. Фоменко, ученый секретарь Отделения истории АН СССР канд. ист. наук В.В. Волков и Ученый секретарь Научного совета «Основные закономерности развития человеческого общества» при Отделении истории АН СССР Н.Д. Луцков, в частности, указали: «29 июня 1981 г. под председательством зам. академика-секретаря Отделения, академика Ю.В. Бромлея, состоялось заседание Отделения… Ваши выводы были подвергнуты решительной критике специалистами шести гуманитарных институтов, а также сотрудниками Астрономического института им. Штернберга» (8 мая 1984 года).
Из выступлений на собрании 1981 года особой резкостью выделялись доклады историков чл. — корр. АН СССР 3.В. Удальцовой и председателя комиссии Е.С. Голубцовой. Е.С. Голубцова возглавляла специальную комиссию историков, созданную для анализа наших работ. По материалам этого обсуждения в исторической прессе началась публикация серии статей историков с резким осуждением наших работ.
Подобное «обсуждение» еще раз повторилось в 1998–1999 годах, о чем будет сказано ниже.
Шестой этап — после 1990 года. Его можно условно охарактеризовать как «этап книг по новой хронологии».
В это время в печати стали появляться книги, освещающие как наши исследования по хронологии, так и основанные на них гипотезы о том, как на самом деле выглядела история ранее XVII века. Первой вышедшей в свет книгой на эту тему стала книга А.Т. Фоменко «Методы статистического анализа нарративных текстов и приложения к хронологии», изд-во МГУ, 1990 год. Эта книга появилась с предисловием А.Н. Ширяева, президента (в 1989–1991 годах) Международного Общества математической статистики и теории вероятностей им. Бернулли, заведующего отделом теории вероятностей и математической статистики Института математики им. В.А. Стеклова, Российской Академии Наук, в дальнейшем члена-корреспондента РАН, заведующего кафедрой теории вероятностей механико-математического факультета МГУ.
Надо сказать, что эта книга должна была выйти существенно раньше. Она была полностью подготовлена к печати в издательстве Саратовского университета уже в 1983–1984 годах, под редакцией канд. ист. наук С.А. Пустовойт (Москва). Однако в издательство в июне 1984 года неожиданно поступило письмо ленинградских историков (зав. сектором всеобщей истории Ленинградского Отделения Института истории СССР, чл. — корр. АН СССР В.И. Рутенбург, ученый секретарь канд. ист. наук Т.Н. Таценко, зав. группой истории древнейших государств на территории СССР и античного мира канд. ист. Наук И.А. Шишова, ученый секретарь канд. ист. наук И.В. Куклина). В частности, они писали, что наши исследования «объективно направлены против основных принципов марксистской исторической науки… Сектор всеобщей истории и группа истории древнейших государств на территории СССР и античного мира признают опубликование монографии проф. А.Т. Фоменко „Введение в критику древней хронологии. Опыт статистического исследования“ совершенно невозможным». Историки категорически потребовали остановить издание книги.
Набор книги был рассыпан.
В плане издательства «Наука» на 1991 год стояла наша книга: В.В. Калашников, Г.В. Носовский, А.Т. Фоменко «Геометрический и статистический анализ звездных конфигураций. Датировка звездного каталога Альмагеста». Она прошла рецензирование и была сдана в печать, в типографию. Однако, когда значительная часть работы была уже сделана, издательство «Наука» практически прекратило выпуск книг в связи с изменением ситуации в стране. Позднее эта книга вышла в издательстве «Факториал», куда в 1995 году из изд-ва «Наука» были переданы уже подготовленные материалы. Через некоторое время изд-во «Наука» возобновило свою работу. В 1996 и 1997 году в «На-Уке» вышли две другие наши книги по хронологии.
Таким образом, после выхода книги А.Т. Фоменко «Методы…» в 1990 году наступил некоторый перерыв, после чего начиная с 1993 года стали выходить книги, отражающие текущий этап наших исследований по хронологии. Именно в это время возник термин «новая хронология». Так мы назвали хронологию, которая стала возникать благодаря применению разработанных нами новых методов датирования. Новой она является в том смысле, что отличается от принятой сегодня хронологии Скалигера-Петавиуса. На самом деле, ее следовало бы называть «правильной хронологией», поскольку в ней исправлены ошибки хронологии Скалигера-Петавиуса.
Издание книг по новой хронологии взяли на себя сразу несколько московских издательств: изд-во МГУ, изд-во Учебно-научного центра довузовского образования МГУ, изд-во «Наука», изд-во «Факториал», изд-во «Крафт», изд-во «Олимп», изд-во «Анвик», изд-во «Деловой Экспресс». За границей наши книги по хронологии выходили как на английском, так и на русском языках в издательствах Kluwer Academic Press (Голландия), CRC-Press (США), Edwin Mellen Press (США).