На съезде «Саюдис» был окончательно оформлен организационно и политически. Был избран Сейм «Саюдиса» в количестве 220 человек. В ночь на 23 октября в кулуарах съезда после долгих споров и взаимных ультиматумов был избран Совет (Тариба) из 35 человек. Несмотря на то, что В. Ландсбергис постарался использовать съезд для своего возвеличивания, Председателем Тарибы Сейма он был избран только 25 ноября 1988 г. Москва содержание и настрой съезда «Саюдиса» оставила без внимания.
Учредительный съезд показал, что «Саюдис» превратился в ведущую политическую силу в республике. Но его лидеры прекрасно понимали, каким влиянием еще обладала Компартия. Поэтому на следующем этапе своей деятельности саюдисты поставили цель: занять ключевые позиции в Компартии, реформировать ее и использовать как эффективный инструмент достижения главной цели — независимости Литвы.
К началу выборной кампании по избранию народных депутатов СССР «Саюдис» доминировал на телевидении, радио и прессе республики. Мнение лидеров Движения было непререкаемым. Под их нажимом 10 сессия одиннадцатого созыва ВС Лит. ССР (17–18 ноября 1988 г.) приняла Указы о государственном языке, национальном флага и гимне. Но большинство депутатов ВС отказалось принять поправку к 70 статье Конституции Лит. ССР, которая объявляла верховенство республиканских законов над союзными.
В ответ лидеры «Саюдиса» немедленно организовали толпу сторонников, которая встретила депутатов, выходящих из здания ВС, оскорблениями, плевками и т. п. Вечером и ночью в квартирах депутатов, не поддержавших поправки к Конституции, стали раздаваться телефонные звонки с угрозами. С этих пор морально-психологический террор стал испытанным оружием саюдистов в борьбе против инакомыслящих.
Дополнительно Совет сейма «Саюдиса» 20 ноября 1988 г. принял «Заявление о моральной независимости», суть которого была в том, что для граждан Литвы обязательны законы Литвы, но не СССР. За контролем исполнения этого заявления был учрежден «Суд чести» «Саюдиса».
В ответ Бюро ЦК Компартии 28 ноября 1988 г. приняло заявление «О сегодняшней политической ситуации в республике». В нем руководство «Саюдиса» было подвергнуто заслуженной критике за «нереальные политические требования и шумные антигосударственные акции». Однако этот шаг партийного руководства республики не получил должной поддержки из ЦК КПСС. Вера литовских коммунистов в Москву таяла на глазах.
В итоге отчетно-выборную осеннюю кампанию 1988 г. в первичных, городских и районных партийных организациях выиграли представители «Саюдиса». Группы «Саюдиса» врастали в партийные организации. Представители «Саюдиса» были избраны секретарями ряда райкомов партии и парткомов. Например, в городе Шяуляе все десять выдвинутых от «Саюдиса» кандидатов были избраны в состав городского комитета Компартии. Первым секретарем горкома был избран член сейма «Саюдиса» М. Стаквилявичюс.
Секретарем парткома Вильнюсского университета был избран ярый сепаратист Б. Гензялис. Секретарем партийной организации Союза писателей Литвы — Р. Гудайтис. Эта парочка отличалась особым коварством и лицемерием. Даже в июле 1989 г. они продолжали убеждать общественность ССР в том, что в Литве отсутствует сепаратизм.
В ответ на статью Н. Михалевой и Ш. Папидзе «Федеративный союз» («Правда» от 12 июля 1989 г.), в которой было четко и недвусмысленно заявлено, что «конституционные процессы» в странах Прибалтики грозят развалом СССР, Гензялис и Гудайтис подготовили лицемерный ответ под названием «Так кто же знает рецепт?» («Правда» от 26 июля 1989 г.). В этом ответе они назвали статью Михалевой и Папидзе тенденциозной и консервативной. Они утверждали, что сепаратизма в Литве нет. Редакция «Правды» легко могла опровергнуть их утверждения, но… Вот так Союз и его средства массовой информации проигрывали спор за Прибалтику.
Кстати, еще в октябре 1988 г. тот же Гудайтис, участвуя в «круглом столе», проводимом редакцией газеты «Tiesa», заявил — когда мы придем к власти, то «возьмем ее железной рукой, и тогда возникнет ностальгия по социалистическому прошлому». Да, «Саюдис» железной рукой взял власть, но Гензялис и Гудайтис, как бывшие коммунисты, были выдавлены из него.
В Литве тем временем события развивались по плану, намеченному «Саюдисом». Его представители умело использовали коммунистов в Верховном Совете Литвы, которые там составляли 90 %, для создания правовой базы вывода Литвы из СССР. IV сессия Сейма Движения (1 апреля 1989 г.), ставшего параллельным Верховным Советом, приняла предложения по изменению ряда статей Конституции Лит. ССР, в том числе и о верховенстве республиканских законов над союзными.