Теперь профессору предстояло выиграть схватку с министром народного просвещения графом П. В. Завадовским, который справедливо полагал, что все университетские привилегии, на которые Паррот сейчас получал согласие монарха, войдут затем и в общее устройство российских университетов. Сам Паррот не без гордости писал, что «старался не только для Дерпта», хотя, по его же словам, это лишь умножало трудности[69]. Идя на уступку министру, Александр I назначил новый согласительный комитет в составе членов министерства: Чарторыйского, Потоцкого, Новосильцева, Строганова, а также Паррота. Именно этот комитет и должен был окончательно определить судьбу Акта. Его единственное заседание состоялось в конце ноября 1802 г. в доме у Новосильцева и длилось до трех часов ночи (лакей и кучер не дождались Паррота, думая, что тот остался ночевать, и ему пришлось идти домой пешком). На обсуждении Потоцкий, «хотя и не был другом министра», решительно возражал против предоставления университету судебной автономии, и лишь «споря до изнеможения» Паррот смог одержать верх[70].
В начале декабря 1802 г. текст Акта передали для ознакомления графу Завадовскому, который, вопреки ожиданиям, попытался внести в него собственные изменения, в частности опять-таки настаивая на отмене университетской юрисдикции. После неудачной попытки договориться с министром при посредничестве Муравьева Паррот явился утром 4 декабря к Новосильцеву, требуя, чтобы тот немедленно вел его к императору. Поскольку Александр был тогда занят, профессор написал ему тут же записку, где жаловался, что «всякий день и едва ли не всякий час новые приносит возражения графа Завадовского» против Акта постановления, который уже был согласован в Комитете и одобрен императором[71]. Очень характерно, что в этой записке Паррот сознательно смешивал рвение к общему делу (отстоять права университета) и личные отношения с императором: он просил или выслушать его, или удалить в немилость, подписав записку: «счастливейший или несчастнейший из ваших подданных». Все это, как и во многих других случаях во время их дружбы, подействовало на Александра I, и содержание Акта сохранилось во всей своей полноте.
Тем самым корпоративная университетская автономия впервые появилась в российском законодательстве и затем вошла и в последующие документы Министерства народного просвещения[72]. Наиболее важными высочайше утвержденными привилегиями, которые смог «завоевать» Паррот, были права университета управлять своими доходами, иметь собственную юрисдикцию и независимый суд для всех своих членов и их семей, самостоятельно избирать путем голосования в Совете университета профессоров на вакантные кафедры, а также на административные должности (ректора, деканов и т. д.), печатать ученые труды без цензуры и осуществлять цензуру на территории университетского учебного округа, выплачивать пенсии вдовам и сиротам профессоров; что же касалось самих профессоров, то через 25 лет их полный оклад обращался в пожизненную пенсию, которой каждый «может пользоваться, где сам за благо изберет».
Парроту удалось отстоять эти права не только благодаря личному влиянию на Александра I, но и потому, что российская власть была заинтересована в том, чтобы интегрировать основанный остзейским дворянством «местный университет» (Landesuniversitat) в структуру управления Российской империи, т. е. передать в ведение Министерства народного просвещения и под прямую власть монарха, превратив его тем самым в Императорский, иначе говоря, в российский университет (Reichsuniversitat)[73].
Это, впрочем, обещало дальнейшие трудности с местным дворянством, которые не замедлили проявиться уже весной 1803 г. Дело в том, что «Предварительные правила народного просвещения», принятые министерством в конце января 1803 г.[74], не только повторили основные принципы автономии, но и не предусматривали для Дерпта дальнейшее существование дворянских кураторов, а функции высшего контроля над университетом передавали одному из членов министерства со званием попечителя. В частности, кураторы должны были передать университетскую кассу в полное ведение Совета. Попечителем же Дерптского университета был назначен Ф. М. Клингер, друг Паррота, не имевший никакой связи с остзейским дворянством. А вот стремившийся к этой должности лифляндский граф Г. А. фон Мантейфель, напротив, получил назначение в Казанский учебный округ.