Этим занимался Оперативный отдел ЦШПД. Приоритетной его задачей было руководство боевой деятельностью партизанских соединений. Оно осуществлялось как через соответствующие штабы партизанского движения, так и непосредственно. Начальником оперативного отдела был назначен полковник И. И. Наумов, его заместителями подполковник В. П. Шестаков и майор Иволгин. Для удобства управления партизанским движением вся оккупированная территория была разбита на направления: 1-е направление — Карело-Финская АССР, Прибалтийские республики и Ленинградская область. Начальник направления — капитан Колмыков; 2-е направление — Белорусская ССР. Начальник направления — майор Крюков; 3-е направление — Калининская, Смоленская и Орловская области и Крымская АССР. Начальник направления — майор Румянцев. Кроме того, в отделе были созданы: группа по применению и внедрению методов партизанской борьбы и современных диверсионных средств, группа учета и склад топографических карт. 11 мая 1942 г. приказом начальника ЦШПД при Оперативном отделе штаба было создано отделение по диверсионной тактике и технике и поставлены перед ним конкретные задачи. Это отделение приступило к работе 10 июня. Для выполнения заданий ЦШПД привлекались различные научно-технические организации и управления Генштаба РККА. Оперативным отделом, помимо операций местного значения, был разработан и ряд масштабных операций с привлечением к участию в них подавляющего числа партизанских соединений и отрядов. Это операции «Рельсовая война», «Концерт», «Зимний концерт», «Пустыня» и др. Кроме того, Оперативный отдел занимался также созданием рейдовых партизанских соединений и отрядов, засылкой организаторских и диверсионных групп и переформированием партизанских соединений, определял им новые районы деятельности и ставил им боевые задачи, а также занимался контролем выполнения приказов начальника ЦШПД.
«Для сосредоточения ответственности и централизации руководства партизанским движением» 6 сентября 1942 г. постановлением ГКО было решено учредить пост Главнокомандующего партизанским движением. Эту должность занял член Политбюро ЦК ВКП(б), ГКО и СВГК маршал К. Е. Ворошилов. ЦШПД был подчинен Ворошилову. 28 сентября 1942 г. в составе ЦШПД было создано Политуправление. Его начальником был назначен секретарь ЦК ВКП(б) В. Н. Малинин. Оно стало органом, через который ЦК ВКП(б) руководил работой среди населения и партизан на оккупированной территории. Этим же решением создавался ряд республиканских, областных и фронтовых штабов партизанского движения.