Расширение масштабов партизанской войны требовало централизации руководства и координации боевых действий партизанских формирований и нанесения их ударов по противнику для оперативного содействия Красной Армии. В связи с этим появилась необходимость в создании единого органа военно-оперативного руководства партизанской войной. 24 мая 1942 г. заместитель наркома обороны генерал-полковник артиллерии Н. Н. Воронов обратился к Сталину с предложением о создании единого центра по руководству партизанскими и диверсионными действиями. Он обосновывал это тем, что почти годичный опыт войны показал низкий уровень руководства партизанской борьбой в тылу врага, что ею руководят различные органы. Воронов, в частности, указал на то, что «партизанской войной у нас занимаются ЦК ВКП(б), НКВД, немного Генеральный штаб и ряд руководящих работников Белоруссии и Украины». Сталин по достоинству оценил предложение Н. Н. Воронова, и уже 30 мая 1942 г. Государственный комитет обороны (ГКО) принял решение о создании при ставке Верховного Главнокомандования (СВГК) Красной Армии Центрального штаба партизанского движения. Его начальником был назначен от ЦК ВКП(б) секретарь ЦК КП(б) Белоруссии П. К. Пономаренко, непосредственно подчиненный Верховному Главнокомандующему. Его заместителем от НКВД стал В. Т. Сергиенко, от Генштаба РККА — Т. В. Корнеев. Это решение положило начало централизованному руководству партизанским движением. Одновременно с ЦШПД при Военных советах соответствующих фронтов были созданы фронтовые штабы партизанского движения: Украинский (при Военном совете Юго-Западного фронта), Брянский, Западный, Калининский и Ленинградский. Несколько позже решением ГКО были образованы также ШПД: Южный — Краснодарский — 3 августа 1942 г., Белорусский — 9 сентября 1942 г., Воронежский — в октябре 1942 г., Эстонский — 4 ноября 1942 г., Латвийский — 8 января 1942 г., Литовский — 20 ноября 1942 г., Крымский — в июле 1943 г. и др. При этом подчиненность фронтовых ШПД была двойственной: с одной стороны, они подчинялись ЦШПД, а с другой — Военным советам соответствующих фронтов, и в то же время они координировали свои действия через секретарей обкомов, которые в основном стояли во главе фронтовых ШПД. Вскоре фронтовые штабы стали областными.
Штабы партизанского движения располагали мощными радиоузлами для оперативной связи с партизанскими соединениями, отрядами и разведывательно-диверсионными группами и с подпольными партизанскими организациями. Кадры ШПД в основном укомплектовывались кадровыми офицерами Красной Армии, войск и органов НКВД и возглавлялись партийными работниками. Для этого еще 16 июня 1942 г. постановлением ГКО на Военные советы фронтов были возложены обязанности не только по формированию штабов и оперативных групп, но и подвижных радиоузлов. Задача обеспечения их кадрами была поручена Главному управлению (ГУ) кадров НКО СССР, а вооружение, снабжение всеми видами имущества и транспорта — ГУ тыла НКО СССР.
ЦШПД осуществлял общее руководство партизанской борьбой, создавал партизанские отряды и соединения, координировал их действия, обобщал и распространял опыт партизанских действий, готовил кадры, организовывал взаимодействие партизанских формирований с войсками Красной Армии. Он работал в тесном контакте с Генеральным штабом РККА. Фронтовые ШПД несли ответственность за руководство партизанскими формированиями и дальнейшее развитие партизанского движения на всей оккупированной территории, определяемой линией и глубиной направления данного фронта с границами областей. На штабы партизанского движения всех рангов были возложены следующие основные задачи: развитие партизанского движения, руководство боевыми действиями партизан, установление связи с партизанскими формированиями, обеспечение партизан всем необходимым для борьбы с оккупантами, политическое обеспечение, подготовка специалистов. А основными разведывательно-боевыми задачами партизанского движения стали: дезорганизация тыла противника, разрушение коммуникаций и связи, уничтожение складов, нападение на штабы и войсковые части противника, разрушение материальной части на аэродромах, осведомление Красной Армии о противнике.