Оборудование – состояло из полного комплекта навигационных приспособлений и контрольных приборов, большинство из которых было сгруппировано на главном приборном щигке. Вдоль левого борта кабины, рядом с креслом пилота располагалась панель с рычагами, рукоятками тяг и другими устройствами управления узлами самолета. У правого борта располагались остальные контрольные приборы. Все самолеты Ju 88 оснащались автопилотом Siemens К 4ue.
Спереди у места бомбардира устанавливался спуск сигнального пистолета (ракетницы) Walther, обеспечивающей пуск ракет изнутри кабины. Запас ракет хранил'- ся в двух кассетах на полу кабины, около правого борта. Некоторые самолеты были оборудованы четырьмя коробками с противогазами для членов экипажа.
В комплект спасательного оборудования входила надувная резиновая лодка, расположенная в контейнере в верхней хвостовой части корпуса между шпангоутами № 23 и № 23а. Там же хранился контейнер с неприкосновенным запасом пищи и воды, парус, весла и аварийный передатчик. Контейнер закрывала крышка, открываемая из кабины самолета. При снятой крышке происходило автоматическое наполнение лодки сжатым воздухом. Ниже, в левом борту, в районе шпангоута № 24 находилась аптечка первой помощи. Зимой аварийное оснащение дополнялось нартами и дополнительным пайком.
Кроме того Ju 88 оснащались оборудованием, позволявшим эксплуатировать самолет в тропических условиях. Это оборудование состояло из технических приспособлений (воздушные противопылевые фильтры, герметизирующие прокладки и т.д.), а также большой запас питьевой воды и охотничье оружие. Оснащенные таким образом самолеты обозначались как Ju 88А-10.
Стрелковое вооружение – самолета Ju 88А-5 состояло обычно из 4 пулеметов Rheinmetall-Borzig MG 15 калибра 7.92 мм, боезапас 29 двойных дисков по 75 патронов в каждом, распределенных между тремя установками. Установка А – спереди справа от пилота обслуживалась бомбардиром, установка В – в задней части кабины состояла из двух пулеметов, расположенных на бронелафетах LLKP 2 обслуживалась стрелком радистом и, наконец, установка С – в подфюзеляжной гондоле, оснащенная бронелафетом Bola 39С или Bola 39D YE и служащая одновременно входным и аварийным люком для экипажа.
Самолеты Ju 88А-5 последних выпусков вооружались пулеметами Mauser MG 811 и MG 81Z (спаренный, устанавливался в гондоле). Для этих пулеметов применяли соответствующие лафеты LLK 81VE (установка В) и Bola 81Z (установка С). Пулеметы MG 81 имели ленточное питание, ленты хранились в металлических ящиках.
Кроме того, большинство самолетов дополнительно оснащалось пулеметами, установленными спереди, около места бомбардира и по бортам кабины. Часто эти пулеметы устанавливали уже в боевых частях. Некоторые машины получили пушки MG FF калибра 20 мм, установленные в передней части гондолы или в передней установке.
Бомбовое вооружение – размещалось на внутренней и внешней подвеске. В обоих бомбоотсеках размещалось по четыре вертикальных бомбодержателя ЕТС 50/Х. позволяющих подвесить 32 бомбы массой 50 кг, например SC 50.
Под каждым крылом находились три узла (два между фюзеляжем и мотогондолой и один на консоли крыла) крепления для бомбодержателей ETC 500/IXb под бомбы массой 250 и 500 кг, или для комплексного бомбодержателя Sch. 500/1000, при этом допускалось использование только одного, левого, бомбодержателя. С октября 1940 появилась возможность подвешивать тяжеловесные грузы и под правым крылом. Комплексные бомбодержатели использовали для подвешивания бомб массой 1000 кг или морских мин LMA и LMB (Luftmine А и B).
Сбрасывание бомб по одной или пакетом осуществлялось автоматом RAB 14с или 14d (Reihen-Abwurf-Bediengeraet). Был возможен аварийный сброс всех бомб, который осуществлялся перемещением особого рычага.
Для повышения точности бомбометания использовали тахиометрический бомбоприцел BZG 2 или BZG 2L (обслуживаемый бомбардиром) сопряженный с системой прицеливания и бомбометания из пикирования BZA (Bomben-Ziel-Anlage) и прицелом Stuvi (Sturzvisier) (обслуживаемых пилотом, который осуществлял бомбосброс, нажимая на кнопку на штурвале).
Система бомбоприцелов была синхронизирована с автоматом вывода из пикирования (Abfangautomatik), которая включалась после сбрасывания всех бомб. Автомат имел электро-гидравлический привод и действовал на воздушные тормоза и триммеры рулей высоты.