Самолеты испытывали в Тарневитце. Испытания показали недостаточную устойчивость и резкое падение максимальной скорости. Во время ведения огня наблюдались повреждения шасси и пропеллеров. В последствии пушку KwK 39 заменили на ВК 7.5 cm калибра 75 мм (ВК – сокращение от Bordkannone – бортовая пушка. Пушку ВК 7.5 cm создали на базе противотанкового орудия Рак 40, которое имело отличные баллистические качества и пробивала броню всех типов советских танков, включая тяжелые тани ИС.), характеризовавшуюся лучшими баллистическими качествами. Как и предыдущая модель, пушка ВК 7.5 cm оснащалась дульным тормозом. Испытания нового орудия оказались более обнадеживающими.
Junkers 88Р-1
Прототипом серии Ju 88Р-1 был самолет Ju 88V54 (W.Nr. 1881), облетанный в 1942 году. Ju 88Р-1 характеризовался цельнометаллическим носом. В задний части подфюзеляжной гондолы, вмещавшей ВК 7.5 cm и 4 MG 81, располагалась и нижняя установка с MG 81Z. в задней установке монтировали два MG 811. а в передней части кабины было предусмотрено место для еще одного MG 811.
В начале 1943 года Ju 88Р-1 были испытаны в Опытной группе истребителей танков (Versuchkommando fuer Panzerbckampfung). В 1943 году Юнкерсы Ju 88Р-1 были направлены в 92-ю эскадрилью истребителей танков (Panzerjaeger Staffel 92). которая подчинялась командиру противотанковой авиации (Fuehrer der Panzerjaeger), а затем вошла в состав 111./ KG 1 Hindenburg.
Во время боевых вылетов выявился другой недостаток – низкая скорострельность, за один заход самолет мог произвести только два выстрела.
Junkers 88 Р-2, Р-3
Самолеты Ju 88Р-2 были переделаны из серийных Ju 88А-4. Переделка заключалась в установке в подфюзеляжной гондоле двух пушек ВК 3.7 cm калибра 37 мм. Пушки обладали достаточно хорошей практической скорострельностью – порядка 15 выстрелов в минуту. Кроме того, была улучшена противооткатная система. В задней части гондолы размещался спаренный пулемет MG 81Z. а в задней установке монтировали два MG 811. Кабину пилота защитили бронеплитами и бронестеклом.
Самолеты Ju 88Р-2 предназначались не только для борьбы с советскими танками. Другой целью для этих машин были американские бомбардировщики В-17 и В-24.
Самолеты Ju 88Р-3 отличались от Р-2 усиленным бронированием кабины пилота и мотогондол.
Junkers 88P-4
В 1944 году выпустили небольшую серию самолетов Ju 88Р-4, вооруженных пушкой ВК 5 cm калибра 50 мм. Как и прежде, пушку разместили под фюзеляжем. В задней установке монтировали пулемет MG 131. Под крыльями самолетов устанавливали бомбодержатели ЕТС.
Junkers 88R
Эта модификация была создана в ответ на необходимость иметь более современный тяжелый истребитель.
Junkers 88R-1
Самолет Ju 88R-1 представлял собой дальнейшее развитие самолета Ju 88С-6, Вместо двигателей Jumo 211 на самолет Ju 88R-1 установили двигатели BMW 801МА мощностью 1176 кВт/1600 л.с. другой отличительной чертой этого самолета были широкие створки, закрывающие убранные шасси. У самолетов поздних выпусков была усилена система охлаждения, поскольку опыт эксплуатации выявил перегрев двигателей.
Схема вооружения самолетов Ju 88R-1 была похожа на ту, что применяли на Ju 88С-6. Вместо пулеметов MG 81 устанавливали крупнокалиберные MG 131. Некоторые машины оснащались Schraege Musik. На самолетах использовали радары FuG 202 Lichtenstein ВС I и FuG 212 Lichtenstein С-1.