23 апреля Прозоровский направил офицера с 12 гусарами в Авдотьино, с приказом караулить Новикова и доставить в Москву, как только тому станет лучше. Те 24-го прибыли в Авдотьино, застали Новикова в болезненном состоянии (обмороки), но его через два часа, в кибитке, под конвоем, отправили в Москву, сразу привезли к Прозоровскому и стали допрашивать (в результате нервного потрясения сын Новикова остался на всю жизнь больным эпилепсией; неизлечимо болела и дочь) (52). Новиков признал, что давал продавать Кольчугину запрещенные книги, в большинстве духовные, так как на них более спрос, но что он давал их для цензуры духовным лицам, а когда те отказались, то полицейским и университетским чиновникам. При допросе обнаружилось невежество Прозоровского: цифры в подстрочных примечаниях — ссылки на священное писание Прозоровский счел за тайные условные знаки: «вот под этими условными знаками скрываются ваши зловредные замыслы и преступные учения; но все это теперь откроется» (53). Передать дело Новикова в суд всё же не решились: слишком мало было доказательств его вины («сделанные ему допросы препроводить в суд нельзя», «надо делать новые в особой комиссии из доверенных лиц»). Обошлись без суда и новой комиссии. 10 мая Екатерина приказала Прозоровскому отправить Новикова в Шлиссельбургскую крепость. Он прибыл туда под сильным конвоем и помещен в каземат. Несколько раз его допрашивал начальник Тайной канцелярии С. И. Шешковский. Речь шла о масонах, разных политических подозрениях, о книгах Новикова, запрещенных в 1786 г. Тот отвечал, что книг он заново не перепечатывал, что переводчиков их не знает, что никаких других книг, кроме взятых под арест, не печатал, что имен авторов никогда не таил. Любопытно, что его никогда не спрашивали о той книге, которая была поводом для всей истории. Не выяснилось ничего, за что бы можно было предать его законному суду. Поэтому 1 августа 1792 г. выходит именной указ Екатерины: хотя Новиков не открыл тайных замыслов своих, но всех обвинений, изложенных в 6 пункте, достаточно, чтобы подвергнуть его «по силе законов тягчайшей и нещадной казни»; однако императрица, следуя свойственной ей человечности и желая оставить Новикову время для покаяния, ограничилась приказом «запереть его на 15 лет в Шлиссельбургскую крепость» (53). Новиков пробыл там до воцарения Павла, который в первый же день вступления на престол приказал его освободить. За время пребывания в Шлиссельбурге Новиков превратился из крепкого человека в больного старика. Он поселился в Авдотьино, где умер в 1818 г.
А следствие продолжалось. В 1792 г. Прозоровский представил Екатерине, как доказательство вины Новикова, какую-то французскую книгу (хотя Новиков не знал французского языка) и список французских книг, купленных Новиковым у купца Бибера; Прозоровский просит, чтобы были приняты меры к пресечению торговли запрещенными иностранными книгами (53). Всё это время опечатанные лавки не распечатывают. Торговцы подают прошение Екатерине о разрешении открыть их. Та приказывает Прозоровскому разобраться в просьбе. Прозоровский отвечает, что лавки опечатаны законно. Новое прошение, и новый приказ разобраться. Суд над продавцами, 3-х инстанций: низшая, средняя, высшая. Первый в России процесс по делам печати. Суд выносит ряд приговоров, весьма суровых, со ссылками на законы 1720-21 гг. Особенно сурова низшая инстанция; большинство обвиняемых приговариваются ею «вместо смертной казни к наказанию кнутом с вырезыванием ноздрей и постановлением знаков и к ссылке в каторжную работу» (54). Но средняя и особенно высшая инстанции смягчают приговоры (перечень имен и приговор -54). Представляя приговоры Екатерине, Прозоровский просит о прощении виновных, особенно Кольчугина. Просьба отправлена в Петербург в августе 1793 г. и целые 3 года лежала без движения. Только 2 июля 1796 г. выходит указ Екатерины: призвать Кольчугина и 10 других подсудимых в Уголовную палату, прочесть им решение суда и объявить прощение по случаю рождения великого князя Николая Павловича (55). Отобранные у Новикова книги переданы на просмотр московским духовным и светским цензорам: список этих книг, имена цензоров, их пометки о зловредности каждой книги опубликованы лишь в 1871 г. (55). 11 февраля 1793 г. Екатерина приказала Прозоровскому сжечь эти книги. 31 октября приказание исполнено, о чем доложено Екатерине. В общей сложности сожжено около 25 тыс. книг. Часть книг переданы в Духовную академию и университет. Позднее, в 1794 г. обнаружен еще один книжный склад, произведено по приказу Прозоровского еще 2 сожжения, в их числе перевод Карамзиным «Юлия Цезаря» Шекспира (56).