Все подобные распоряжения шли в одном направлении, но Новикова непосредственно, как будто, не касались. Тем более, что на место Брюса, в Москву был назначен довольно добродушный Еропкин, которому до масонства и Новикова не было дела. Но Екатерина не успокаивалась. По ее инициативе, после истечения срока аренды, газета «Московские ведомости» отобрана у Новикова. Дела «Типографической компании» идут всё хуже. Накапливаются огромные долги. А тут начались события французской революции с её ужасами, обострившие российскую обстановку. Начинается массовый отказ от связи с масонами (от них отходит и Карамзин). Многочисленные аресты, допросы, истязания, пытки. Борьба с масонством переходит совсем на иной уровень. К ней подключается Начальник Тайной канцелярии С. И. Шешковский, сыскных дел мастер и кнутобоец (ум. в 1793 г.). Радищев называл его «великим инквизитором России». 9 февраля 1790 г. на место Еропкина назначают А. А. Прозоровского, фронтового генерала, крайне грубого, невежественного, ненавидевшего просвещение, посланного для обуздания Москвы. Потемкин в письме Екатерине так характеризовал Прозоровского: понадобилась старая пушка; она будет стрелять в вашу цель, так как своей не имеет; «Только берегитесь, чтобы она не запятнала кровью в потомстве имя Вашего Величества» (50). Прозоровский постоянно чернил имя Новикова, но быть инициатором его ареста не хотел. На вопрос Екатерины: почему он не арестует Новикова? Прозоровский отвечал: стоит лишь ей приказать. Екатерина колебалась: «нет, надо найти причину» (51). Причина вскоре нашлась. В 1788 г. появилась книга «История об отцах и страдальцах Соловецких, якоже за благочестие, святые церковные законы и предания пострадали, тут же челобитная монахов Соловецкого монастыря к царю Алексею Михайловичу, повесть о Белом клобуке и другие статьи», в духе раскольничьей литературы. Она, кроме прочего, противоречила указу 27 июня 1787 (напечатана не в синодальной типографии). Неизвестно, кем и где она была издана. Но нашелся повод приписать ее мартинистам. 13 апреля 1792 г. указ Екатерины Прозоровскому: недавно в продаже появилась книга, напечатанная церковным шрифтом, содержащая разные раскольничьи сочинения, противные духу православия и правительству; заглавный лист выдран, но в других подобных книгах значится. что издана в Гродно; можно полагать, что она печаталась в Москве, скорее всего у Новикова, который, как слышно, завел у себя в подмосковном имении типографию, независимую от Московской. Предписываю командировать в подмосковную типографию одного из советников судебных палат и из заседателей верховного земского суда, которые там произведут внезапный обыск; если будет найдена упомянутая книга или церковные шрифты, это послужит достаточным доказательством, что Новиков ее издатель; тогда он должен быть лишен права содержать типографию и подвергнуться взысканию за нарушение законов. Для открытия истины следует Новикова взять под присмотр и допросить, а также исследовать, каким образом, не получив никакого наследственного значительного имения, он считается теперь владельцем весьма достаточным; и может ли доказать при этом свое бескорыстное поведение. Прозоровскому предписано донести обо всем, что откроется, «обстоятельно и немедленно» (51). Прозоровский, не открывая причины, поручил доверенному лицу купить книгу; тот привез какую-то книгу о раскольниках, но не ту, которая требовалась, и все найденные экземпляры «Новой Киропедии», которая конфисковалась прежде. Прозоровский решил, что Новиков ее вновь перепечатал. Появилась причина для ареста. 22 апреля три человека, по приказу Прозоровского, отправились в подмосковное имение Новикова Авдотьино и произвели там обыск. Все бумаги и книги были конфискованы. Но в доме не оказалось никаких признаков типографского производства, церковных шрифтов. Новиков потрясен обыском. У него начинаются спазмы, обмороки. Он просит об исповеди и причащении. В просьбе ему отказано. Но всё же сочли положение его опасным, в город не повезли, оставили в Авдотьино, под присмотром городничего. Сами же, с конфискованными книгами и бумагами, отправились в Москву, где передали их 23 апреля Прозоровскому.
Одновременно с проверкой в Авдотьино, 22 апреля провели обыски и в Москве, в бывшем компанейском доме, в книжной лавке Новикова, в магазине его типографии, во всех вольных книжных лавках. Обнаружено 20 книг, не указанных в печатных каталогах, скрытно продававшихся, хотя и запрещенных в 1786-87 гг., а также 48 книг, напечатанных без цензурного дозволения. Лавки опечатали, хозяев их арестовaли. Один из них, Кольчугин, имевший 3 лавки, который служил кроме того приказчиком в одной из лавок Новикова, сразу признал, что получал от него книги, на 5 тыс. рублей (52). Остальные арестованные сперва не признавались, но потом тоже показали, что получали от Новикова книги, развозили их по ярмаркам и продавали.