Поначалу Иван Петрович не собирался публиковать поэму – она распространялась среди читателей в рукописных копиях, – но в 1798 году ее издал в Петербурге один из любителей украинского слова, конотопский помещик Максим Парпура. Впоследствии, в 1808 году, книгоиздатель И. Глазунов повторил это издание. Эти публикации, осуществившиеся без ведома и согласия автора, вышли в свет со значительными погрешностями, которые не могли не огорчать писателя. В тексте было много ошибок, различных отступлений от оригинала и искажений, неизбежных при многократном переписывании. О недовольстве И. Котляревского свидетельствуют и его авторские высказывания в предисловии к изданию поэмы 1809 года, подготовленного уже им самим, и своеобразное «наказание» Максима Парпуры в тексте «Энеиды» – в издании, которое контролировал уже сам автор, он добавил к третьей части (развернутое описание ада) строфу:
Однако инициатива коллежского асессора Максима Парпуры, род которого принадлежал к конотопскому дворянству, в деле издания «Энеиды» заслуживает лишь одобрения и благодарности потомков. Хочется верить, что его целью была не только материальная выгода (сам он был довольно состоятельным), поэтому издание вышло в Петербурге с посвящением: «Любителям малороссийского слова». М. Парпура, наверное, и знать не знал, кто такой И. Котляревский, жив он или нет, и где пребывает ныне. На обложке первого издания было написано: «Энеида на малороссийский языкъ перелициованная И. Котляревскимъ». Это издание содержало три части поэмы с добавленным в конце адресованным российскому читателю словарем под названием «Собрание малороссийских слов, содержащихся в “Энеиде”, и сверх того еще многих иных, издревле вошедших в малороссийское наречие из других языков или и коренных российских, но неупотребительных». Собственно, словарь на 972 слова является началом комментария к «Энеиде» и вместе с тем заметным явлением украинской лексикографии конца XVIII века. Он стал хорошей основой для аналогичных словарей во всех последующих изданиях «Энеиды». Заметим, что поэма распространялась в многочисленных рукописных списках.
Отработав рукопись трех первых частей и добавив четвертую, уже сам автор в 1809 году издал доработанную поэму на средства полтавского помещика Семена Кочубея. На титульном листе содержалось авторское замечание – «Вновь исправленная и дополненная противу прежних изданий», а на отдельной странице – «Уведомление автора: “Энеида, на малороссийский язык переложенная”, в 1798 и 1808 годах была напечатана без моего ведома и согласия. Она досталась господам издателям со многими ошибками и упущениями, случившимися от переписки, и сверх того и издавшие многое в ней по-своему переделали и почти испорченную выпустили под моим именем. Я решился исправить и дополнить прежде напечатанные три части и, присоединив четвертую, издать все вместе. Благословенное принятие Энеиды от публики будет наградою трудов моих; и ежели она принесет удовольствие читателям, то я поспешу предложить и пятую часть».