Цезарю пришлось надолго отложить свои реформы, когда стало ясно, что гражданская война ещё не закончена. Вновь возродилось движение помпеянцев, на сей раз в Испании, всего через четыре года после завершения там победной военной кампании Цезаря. В значительной степени это было вызвано жестокостью и некомпетентностью Квинта Кассия Лонгина, должностного лица, которого диктатор оставил в качестве своего представителя в Дальней Испании. Квинт Кассий Лонгин показал себя хорошим трибуном, но администратором оказался никуда не годным. Когда он пытался присоединиться к Цезарю во время африканской кампании, испанцы попытались убить его, потерпели неудачу и были жестоко наказаны. Тем не менее два легиона ветеранов, которые Квинт Кассий принял под своё управление после мятежа Помпея, и столица Испании Кордуба (Кордова) отказались подчиниться Риму. Эти известия обеспокоили Цезаря, и он приказал отозвать Кассия. Но по пути в Италию неудачливый правитель потерпел кораблекрушение в устье реки Эрбо и утонул, при этом на дно ушли несметные сокровища, которые ему удалось собрать. На место Кассия был назначен новый правитель, Требоний, но к тому времени авторитету Цезаря был уже нанесён значительный урон, и Требонию не удалось склонить настроения в его пользу. Мятежные легионы вышли из повиновения, когда услышали перед сражением при Тапсе, что старший сын Помпея, Гней, пересёк Африку с севера и занял Балеарские острова. Гней быстро передвигался по Испании, где после Тапса он соединился со своим младшим братом, Секстом, а также с Лабиеном. Хотя Гней отнюдь не был выдающейся личностью, постоянно ошибался и подменял храбрость жестокостью, имя его прославленного отца привлекло на его сторону почти всю Южную Испанию. Он собрал большую армию из 13 легионов, главным образом состоящих из местных жителей, хотя в неё вошли также два легиона ветеранов и множество отставных легионеров Помпея. У него также была 6-тысячная конница.
Вполне вероятно, что Цезарь устраивал свои триумфы в твёрдой уверенности, что война закончена, но теперь стало очевидным, что он ошибался. Двое военачальников были направлены против армии Гнея ещё в конце африканской кампании, один из них, племянник Цезаря, показал полную несостоятельность и не смог добиться никакого прогресса. Становилось очевидным, что никто, кроме самого Цезаря, не способен справиться с полководцем такого уровня, как Лабиен. И вот в начале ноября 46 года до н. э. Цезарь в четвёртый раз отправляется в Испанию.
На семнадцатый день пути он достиг Сагунта, к северу от Валенсии, и десятью днями позже прибыл со своими отрядами в Обико (Поркуна) в окрестностях враждебной Кордубы. Для человека в возрасте 54 лет путешествие в повозке без рессор, когда ежедневный переход составлял 50 или 60 миль, должно быть, казалось настоящей пыткой. Однако у Цезаря в пути хватило сил даже на то, чтобы писать, но на сей раз это был не трактат по грамматике, подобно тому, который он однажды составил при пересечении Альп. По дороге в Испанию он сочинил поэму, описывающую его путевые впечатления.
По прибытии в Южную Испанию Цезарь понял, что его первостепенная задача состояла в том, чтобы заставить помпеянцев вступить с ним в открытый бой. В таком бою четыре легиона его ветеранов и четыре других легиона, не говоря уже о 8 тысячах всадников, давали ему существенное превосходство. Этого было более чем достаточно для победы над менее опытным врагом, не имевшим общего лидера. Хотя сторонники Помпея должны были держать в Кордубе два легиона, поскольку существовала опасность, что неприятель возьмёт город, им удалось избегать столкновений с войсками Цезаря в течение двух месяцев. Эта тактика поставила Цезаря перед необходимостью постоянного пополнения запасов продовольствия, кроме того, ему понадобилось строить зимние укрытия. Но 19 февраля 45 года до н. э. ему удалось захватить богатый город Атегу, находившийся в одном дне пути от самой Кордубы. Это угнетающе подействовало на настроения во вражеской армии, а также на моральный дух жителей ближайших городов, где разумная тактика отсрочки, применяемая Гнеем Помпеем, рассматривалась как ненужное продление войны.