Лабиен был наиболее компетентным из этих военачальников, хотя иногда и он неверно оценивал ситуацию. Но скромное социальное происхождение Лабиена и недоверие, вызванное его жёсткостью, лишили его возможности занять пост главнокомандующего, а когда начались конфликты, связанные с этим назначением, Катон предпочёл Метелла Сципиона, который если и проигрывал Лабиену в интеллекте или характере, то превосходил его по социальному происхождению. В отличие от Цицерона Катон после смерти Помпея с большим энтузиазмом и с чистой совестью был готов продолжить борьбу в защиту Республики. Чтобы избегать конфликтов из-за поста главнокомандующего, сам он удовлетворился постом командующего гарнизоном в Утике, к северу от мыса Бон.
Армия Помпея в Африке состояла из десяти легионов (а если учитывать четыре легиона царя Юбы, то из четырнадцати) и 15 тысяч конницы. Это были значительные силы, не намного уступающие участвующим в битве при Фарсале. Но когда во главе армии противника стоял сам Цезарь, эти силы могли оказаться недостаточными. Поэтому у Катона были серьёзные основания для того, чтобы посоветовать Метеллу Сципиону принять стратегию уклонения, которая могла создать у противника трудности со снабжением и «поглотить всю энергию тирании».
Об африканской войне нам рассказал восторженный сторонник Цезаря, возможно занимавший низкое положение на социальной лестнице, поскольку он не был осведомлен о причинах принятия тех или иных политических решений. Пока Цезарь занимался подавлением итальянского мятежа, наступила осень, и теперь ему следовало немедленно начинать военные действия, поскольку приближалась зима с её штормами. Чтобы избежать дальнейших задержек, он даже не стал дожидаться необходимого количества кораблей, продовольствия и воды, а также четырёх преданных легионов, которые были в пути, и 25 декабря отплыл из Лилибея (Марсалы) в Западной Сицилии, где он продавал с торгов состояние Помпея. Цезарь взял с собой шесть легионов, причём пять из них состояли из новичков, и 2 тысячи лошадей. Большую часть кораблей отнесло штормом к северу, но после трёхдневного перехода Цезарю удалось высадиться на северном побережье Африки с примерно 3 тысячами солдат. Для высадки он выбрал Гадрумет (современный Сус в Тунисе), к югу от мыса Бон, поскольку главные силы врага расположились не здесь, а на севере провинции.
Однако жители Гадрумета не открыли перед Цезарем ворота города, так что ему пришлось двинуться на юго-восток и пройти приблизительно 25 миль, чтобы попасть в более гостеприимный Малый Лептис (Лемту). Здесь к Цезарю присоединились некоторые из его отставших транспортов. Он построил укрепления на прибрежном плато Руспины к северу от города. Главная проблема состояла в том, чтобы обеспечить войска провиантом. Военным действиям уделялось меньше времени, чем охоте за продовольствием, были моменты, когда лошадей кормили обессоленными водорослями. Наконец в тот день, когда к Цезарю присоединилась последняя часть его армии, началась основная часть экспедиции. Войска Цезаря едва не были разбиты вражеской конницей, состоявшей из нумидийцев, галлов и германцев, которой командовал Лабиен. Одновременно с тыла Цезаря атаковал Петрей. Ситуация была критической, но Цезаря спасла его вошедшая в анналы военной истории операция, когда чередующиеся когорты разворачивались одновременно. Только под покровом темноты он сумел вернуться в свой лагерь.
Цезарь никогда не упускал возможности разложить противника, и на этот раз запустил сплетню, будто у Метелла Сципиона настолько сдали нервы, что он не решается носить свой пурпурный плащ в присутствии царя Юбы. Сципион принял ответные меры и во всеуслышание заявил, что Цезарь спит с Евноей, женой Богудеса, одного из двух мавританских принцев, его союзников. Ещё одним соратником Цезаря стал бывший солдат Катилины из Кампании по имени Ситтий, сбежавший от своих итальянских кредиторов и оказавшийся в Мавритании. Там он собирал вооружённые банды авантюристов и с большой прибылью предоставлял их в качестве наёмников местным правителям. Теперь он передал своё войско в распоряжение Цезаря и присоединился к мавританцам, наступавшим на земли царя Юбы, которого люто ненавидел.
Это выступление в тылу вынудило царя Юбу покинуть Метелла Сципиона, но он вскоре возвратился, соблазнённый, как предполагали его враги, хотя, скорее всего, безосновательно, предложением Метелла Сципиона стать властелином всей Римской Африки. Царь Юба привёл с собой 30 боевых слонов.