Сторонникам Помпея пришлось повернуть назад к Илерде. Цезарь продолжал непрерывно преследовать их, а когда они наконец остановились и разбили лагерь, отрезал их от источников воды. Это означало поражение, и 27 августа они сдались. В соответствии с политикой милосердия по отношению к согражданам-римлянам Цезарь даровал свободу Афранию и Петрею и выслал их из Испании. Их солдаты в Испании и Галлии были отправлены в отставку. Сдался Цезарю и Варрон, ведущий учёный того времени, чьи упорные, но безуспешные попытки сохранить Дальнюю Испанию для Помпея с мягкой иронией были отражены в «Комментариях». На место Варрона Цезарь назначил Квинта Кассия, который успешно служил ему, занимая пост народного трибуна.
После получения больших сумм Цезарь вернулся в Массилию. Город был вынужден капитулировать, Агенобарбу удалось скрыться, чтобы вновь вступить в борьбу с Цезарем, и вновь неудачно. Хотя защитники города нарушили перемирие, Цезарь пощадил их и не стал распространять на них те жестокие меры возмездия, которым подвергались варвары Галлии в аналогичных ситуациях. Но Массилия, древний город, традиционно в течение столетий хранивший верность Риму, была лишена независимости и значительной части своей территории.
На пути назад в Рим Цезарь должен был свернуть в сторону, чтобы подавить опасный мятеж в Плацентии (Пияценза), но в «Комментариях» он об этом не говорит ни слова. Если не считать незначительного возмущения среди его легионеров в начале Галльской войны, это был первый случай мятежа в военной карьере Цезаря. Лидеры восставших принадлежали к легиону, который понёс серьёзные потери в Испании. Солдаты, участвовавшие в испанской кампании, плохо питались и были возмущены тем, что Цезарь откладывал решающее сражение и таким образом растягивал кампанию. Во время военных действий были захвачены огромные богатства, но доля, перепавшая легионерам, оказалась весьма скромной, а теперь ещё Цезарь объявил новый политический курс — милосердие к побеждённому противнику, то есть возможность захватить ценности практически свелась к нулю, а жалованье выплачивали с большим опозданием. Легионеры прекрасно понимали, что Цезарь, который, так или иначе, был мятежником против законной власти, не мог обойтись без них. Но и они нуждались в Цезаре не меньше, ведь без него у них не было возможности ни захватить добычу во время службы, ни получить землю после выхода в отставку. Прибыв в мятежный легион, Цезарь сначала напомнил своим воинам, что они были самыми высокооплачиваемыми солдатами за всю историю Рима. Затем он решил продемонстрировать солдатам, что он оскорблён их поведением и шутить не намерен. Восставший легион был приговорён к древнему наказанию — децимации, обряду, при котором казнили каждого десятого по жребию. Разумеется, Цезарь всерьёз не собирался осуществлять столь непопулярную меру. Он смягчил наказание: затребовав имена ста двадцати главарей, приказал казнить двенадцать из них, а остальных взял на заметку. Считалось, что эти двенадцать выбраны по жребию, но Цезарь был слишком опытным политиком, чтобы не организовать эту случайность в своих интересах. Ни одного легионера не казнили случайно. Кроме того, даже эта непопулярная мера сопровождалась актом милосердия. Когда один из осуждённых на смерть пожаловался, что он невиновен и обвинён своим центурионом ложно, Цезарь приказал вместо солдата казнить оговорившего его центуриона.
Однако испанский успех был омрачён поражениями военачальников Цезаря в других местах. Долабелла был оттеснён к побережью и разбит флотом Помпея, доминировавшим в Адриатическом море. Брат Антония был вынужден капитулировать. И хуже того, Курион, после победы над Катоном и взятия Сицилии, был наголову разбит на севере Африки, а оба его легиона уничтожены. Победителем оказался царь Юба, правивший обширной страной Нумидией (Алжир). Он унаследовал от отца обязательства дружбы с Помпеем. Кроме того, однажды во время заседаний в сенате за 13 лет до описываемых событий Юба, тогда ещё принц, позволил себе издевательски пошутить по поводу экстравагантного костюма Цезаря, который не остался в долгу и оттаскал Юбу за бороду.
Юба также копил злобу против Куриона, недавно предложившего римлянам оккупировать его царство. Царя не обескуражило известие о победе Цезаря в Испании, и он атаковал Куриона, что стало для римлянина полной неожиданностью. Передвигаясь слишком быстро и оказавшись в западне в долине реки Меджерде (Баградас), Курион, подобно Крассу в Парфии, был окружён конницей. Многие римляне пали в этой битве, и среди них сам Курион; большинство оставшихся было захвачено в плен и казнено царём Юбой. Таким образом, Северная Африка, важный поставщик зерна, по-прежнему оставалась в руках сторонников Помпея. Но Цезарь извлёк из этого события чисто пропагандистскую выгоду: он успешно эксплуатировал тот факт, что судьба противника во многом зависела от такого сомнительного иностранца, как злодей Юба.