С апреля 1984 года в Афганистане появились разведчики Су-17МЗР, сменившие в Баграмской 263-й разведэскадрилье прежние МиГ-21 Р Оперативная замена была продиктована подготовкой масштабной Панджшерской операции, требовавшей эффективного обеспечения Помимо ведения аэрофотографнрования и визуальной разведки, нары Су-17МЗР выполняли полеты на вскрытие радиотехнических средств противника вдоль границы с Пакистаном, ведение ИК- и телевизионной разведки в реальном масштабе времени. Помимо этого, разведчики активно привлекались к нанесению бомбово-штурмовых ударов и ведению разведывательно ударных действий— «свободной охоте». Разведчики лучше других знали где искать противника.
Интенсивность работы летчиков Су-17МЗР превосходила показатели ИБА и даже штурмовиков. Например, за 1984 год доля разведзаданий 263-й эскадрильи в общем объеме составила 14%, в авиаударах вне операций — 12%, в ударах в ходе операций —4% (ИБА в тот же период выполнила 24% ударов вне операций, 6%— и ходе операций и 3% разведвылетов) ,
Появление ПЗРК в 1984 году привело к серьезному росту потерь: с интервалом в месяц два Су-17МЗР потеряли разведчики, пять Су-17МЗ — истребители-бомбардировщики. Средством преодоления проблемы, помимо доработок с установкой ловушек АСО, стал уход на большие высоты, снизивший, однако, эффективность ударов По роду деятельности, определявшему более рискованную тактику и задания в опасных районах, в дальнейшем разведчики стали нести большие потери: так, в 1986 году из семи потерянных Су-17 пяти машин лишилась 263-я эскадрилья, причем командиру звена капитану М. Александрову пришлось катапультироваться дважды! Всего же за годы афганской войны ВВС недосчитались 29 самолетов типа Су-17.
В процессе эксплуатации Су-17 показал себя достаточно надежным самолетом. Большинство потерь случалось по вине личного состава— ошибок в пилотировании, нарушения полетных заданий и эксплуатационных ограничений. Так, за 1988 год в ВВС СССР потери составили 9 машин, и все они были разбиты по вине летчиков. Даже в 1993 году, с резким снижением налета часов, сказавшимся на росте аварийности, из 23 потерянных самолетов ВВС и АВМФ России оказался лишь один Су-17УМЗ, разбитый из-за помпажа двигателя. Видимо последней потерянной машиной этого типа в республиках бывшего Союза стал украинский разведчик Су-17М4Р из Коломыи, упавший в июле 1998 года после столкновения с птицей.
К завершению производства Су-17 в 1990 году в ВВС СССР насчитывалось 1095 самолетов этого типа. Всего же вместе с экспортными было построено 1866 машин. Подписание к ноябре 1990 года Договора об обычных вооруженных силах в Европе требовало некоторого уменьшения их количества. Немало Су-17 предстояло сократить в числе 773 боевых самолетов, выводившихся из состава ВВС, а часть учебно-боевых машин могла быть «разоружена» и переклассифицирована в учебные. Срок выполнения договоренностей устанавливался в 40 месяцев, однако последовавшие вскоре события внесли свои коррективы. С распадом СССР часть Су-17 сменила принадлежность, отойдя к суверенным ВВС в частности к Украине. В российских ВВС к концу 1993 года предусматривался полный вывод из эксплуатации Су-17, как и прочих боевых однодвигательных самолётов. В строю должна была остаться только новейшая авиатехника Снятые с вооружения машины передавались на базы хранения, на разделку или предлагались на продажу заинтересованным государствам.