Начало службы Су-17М обнаружило множество проблем, связанных, прежде всего, с его двигателем По причине коструктивно-производственных недостатков
ТРДФ АЛ-21Ф в войсках произошла серия аварий и катастроф. Так, несколько самолетов было потеряно из-за заклинивания приводов перекладки лопаток направляющего аппарата компрессора. Другой неприятностью были микротрещины сварных швов камер сгорания, приводившие к их разрушению и пожарам в воздухе Эго вызывало продолжительные запреты на полеты на самолетах с АЛ-21Ф на время проведения доработок.
Настоящим бичом для двигателя была уязвимость к забоинам лопаток компрессора и турбины, из-за чего приходилось каждые 25-50 часов производить их периодические и целевые осмотры, проводя очень сложные, подчас доступные только заводским специалистам, операции контроля и дефектоскопии силовой установки. Этому вопросу была посвящена добрая половина объемистых бюллетеней МАП по двигателю.
Для облегчения доступа, на самолете был оборудован специальный люк-лаз к входному устройству ТРДФ Случались и разрушения рабочих дисков компрессора, после которых разлетавшиеся лопатки буквально рубили самолет. Она была решена путем усиления дисков. Всего же за годы эксплуатации АЛ-21Ф разнообразные дефекты потребовали выпуска более семисот бюллетеней но их устранению
Много неприятностей приносил обрыв замка тормозного парашюта. Посадочный вес по мере появления новых модификаций машины все нарастал, и ушко замка уже не выдерживало нагрузки. Особенно этот дефект проявлял себя при эксплуатации Су-17 в условиях базирования на аэродромах в гористой местности Кавказа, а позднее Афганистана. Самолеты после обрыва парашюта часто выкатывались с полосы, получая повреждения, иногда весьма значительные Только в 1985 году эта проблема была решена установкой доработанного замка рассчитанного на большую нагрузку.
К достоинствам Су-17 относилась его высокая ремонтопригодность. В одном из закавказских авиаполков имел место случай, когда самолет, выкатившийся с полосы и зарывшийся по самую кабину в склон холма, удалось восстановить, полностью заменив носовую часть фюзеляжа. В другой раз машина, севшая на подкрыльевые ПТБ, вернулась в строй через считанные дни— сминаясь, баки приняли на себя удар сохранив самолет. Капитальные ремонты Су-17 выполнялись АРП № 558 в Барановичах—базовом по самолетам этого типа и АРП в Чирчике и Воздвиженке.
В январе 1980 года началась масштабная реформа ВВС, в ходе которой авиационные силы были подчинены армейскому командованию военных округов для достижения лучшего взаимодействия. Воздушные Армии ФЛ были преобразованы в ВВС округов.
По сравнению со своим ближайшим «соперником» МиГ-27, Су-17, соответствующих годов выпуска, обладали практически равными возможностями: хотя по скорости (М = 2,1 против М= 1,7) и высотности характеристики были в пользу Су-17, но по запасу топлива во внутренних баках и, следовательно, дальности, МиГ-27 превосходил его (1600 км и 1750 км для Су-17М и МиГ-27 1974 г. выпуска) Впрочем, абсолютные значения характеристик, полученные при испытаниях, и практически не используемые в эксплуатации, мало значили на практике. Благодаря эффективной механизации крыла и меньшей удельной нагрузке, Су-17 обладал лучшими взлетно-посадочными и маневренными характеристиками. МиГ-27, имея меньшие габариты, был компактной и менее уязвимой целью К тому же самолет имел мощное бронирование кабины, в то время как меньшее число точек подвески (7 против 8) большого значения не имело —подавляющее число задач не требовало их полной загрузки По уровню оборудования и ассортименту вооружения, задававшимися одними и теми же требованиями ВВС, обе машины были практически равнозначны, различаясь в той или иной модификации в основном надежностью и доведенностью новых бортовых систем (даже после удачного завершения испытаний реально оценить в строю «хорошо не работающую» аппаратуру часто было затруднительно)