19 мая 1798 г. из Тулона и Марселя вышли основные части французских сил. Нельсон хотя и получил от экипажа захваченного торгового судна сведения о готовившемся выходе французов, не только не задержал корабли противника, но даже не смог обнаружить их выход, что говорит о малой эффективности блокады, организованной Нельсоном. Более того, во время шторма 20 мая Нельсон не смог удержать корабли своего отряда соединенно и потерял управление ими: его фрегаты после шторма ушли в Гибралтар, а сам Нельсон с линейными кораблями направился к юго-западному побережью Сардинии. Это обстоятельство впоследствии затруднило Нельсону организацию разведки и поиска противника.
Силы Бонапарта состояли из 13 линейных кораблей, шести фрегатов и 36 мелких военных кораблей. На борту 309 транспортов находилось 32 000 десантников. Французские корабли укрылись от шторма в Генуэзском заливе. Пройдя мимо восточного берега Сардинии, Бонапарт направился к острову Мальта и 12 июня захватил его. Оставив на Мальте небольшой гарнизон, Бонапарт двинулся к Египту. Чтобы затруднить противнику поиск, он приказал идти севернее кратчайших путей в Египет и затем выходить не прямо на Александрию, а на 70 миль западнее ее. Переход был совершен беспрепятственно.
Нельсон, исправив повреждения своих кораблей, 31 мая подошел к Тулону, но французских кораблей там уже не оказалось. Здесь он простоял в ожидании подкреплений до 5 июня. 4 июня к отряду Нельсона присоединились 11 линейных кораблей. Теперь в его распоряжении было 14 линейных кораблей. Куда ушел противник – он не знал.
Только через 17 дней после выхода французского флота из Тулона Нельсон начал поиск противника, а до этого даже не организовал разведки.
5 июня английская эскадра направилась к острову Корсика, оттуда к Неаполю, где 17 июня Нельсон узнал, что французский флот находится у Мальты. На пути к Мальте, в районе Мессины, 22 июня он получил сведения, что Бонапарт ушел на восток. Форсируя ход парусами, Нельсон кратчайшим путем пошел к Египту. 28 июня, на сутки раньше французов, он пришел в Александрию, где также не обнаружил флота противника. И на этот раз не организовав разведки, Нельсон оставался в неведении о том, куда скрылся Бонапарт. Решив без всякого к тому основания, что целью французской экспедиции является Сицилия, он тем же кратчайшим путем отправился к ней. В это время Бонапарт пришел в Александрию и беспрепятственно высадился.
19 июля Нельсон, подойдя к Сицилии, убедился в своей очередной ошибке и 22 июля снова направился к Александрии.
Цепь ошибок Нельсона свидетельствует о том, что он не смог верно оценить обстановку и разгадать замысел противника. Выпустив беспрепятственно французский флот из Тулона, он не сумел правильно организовать его поиск и, не ведя разведки, в течение двух месяцев вслепую гонялся за французами по Средиземному морю. Таким образом, Нельсон не смог оказать противодействия французскому флоту ни при его выходе из Тулона, ни на переходе морем, ни при высадке десанта.
Тем временем Бонапарт начал боевые действия в Египте, а эскадра перешла в Абукирскую бухту, незащищенный рейд которой совершенно не обеспечивал прикрытия кораблей от нападения противника с моря. Командующий французской эскадрой адмирал Брюэс допустил этот промах, так как считал, что, поскольку англичане уже были в Александрии, то теперь они скоро сюда не придут. Линейные корабли Брюэс расположил в одну линию в четырех милях от берега, почти параллельно ему. Длина линии достигала полутора миль. Между кораблями и береговой отмелью оставалась полоса моря с десятиметровыми глубинами, на которой находились фрегаты. Брюэс был настолько беспечен, что, несмотря на наличие в составе эскадры фрегатов, не организовал ни дозорной службы, ни разведки, ни наблюдения за морем. Более того, около 3000 матросов было отправлено с кораблей на берег для заготовки продовольствия и пресной воды, а остальной личный состав был занят ремонтом. Плана отражения нападения противника и плана боя разработано не было. Батареи левого борта (обращенного к берегу, со стороны которого не ожидалось нападения) были завалены всякого рода материалами.
Оценивая расположение французской эскадры, необходимо отметить следующее:
1. Батареи на острове Абукир не могли задержать проход противника мимо этого острова при атаке авангарда французов.
2. Оставление прохода между кораблями и отмелью позволяло англичанам взять в два огня авангард французов.
3. Растянутость линии кораблей при господствующих здесь северных ветрах затрудняла арьергарду возможность прийти на помощь авангарду.
Таким образом, адмирал Брюэс, допустив указанные ошибки, фактически сделал эскадру небоеспособной и создал все условия для ее поражения.