Чьи же и какие глаза прикрыл я? Того, кто на своём веку выразил много ласки, привета духовным чадам и особенно детям, того, кто, видя красоту природы, неоднократно радовался, того, кто обратил к свету Евангелия простых сердцем алтайцев, того, кто составил много полезных поучений, наставлений и переводов на инородные языки Слова Божия, того, чьи глаза более шестидесяти лет созерцали Тело и Кровь Господни при частом усердном и глубоко проникновенном служении Божественной литургии. Я закрыл глаза святителя, у которого недостоин лобызать и ноги, так долго потрудившиеся на святительском поприще» 74 .
Три игумена, одним их которых был келейник святителя Аркадий, опрятали тело. Литургию и отпевание возглавил архиепископ Бийский Иннокентий. Всего же в последний путь апостола Алтая провожало 7 архиереев, 79 священнослужителей и множество мирян 75 . Похоронили владыку в ограде церкви села Котельники. Перед погребением заранее проверенный замок на гробе вдруг сломался, и пришлось опускать гроб незакрытым.
В апреле 1957 года останки митрополита Макария были вскрыты и освидетельствованы представителями Московской Патриархии: гроб истлел, а тело и облачение остались целыми. Честные останки были перенесены в Лавру и захоронены в храме Всех святых, в земле Российской просиявших, где и покоятся поныне.