В 1880 году в связи с 50–летием миссии была организована Бийская кафедра. Епископом Бийским, викарием Томской епархии стал архимандрит Владимир, а его преемником по миссии – отец Макарий, возведённый в 1883 году в сан архимандрита. Уже в 1884 году состоялась его хиротония во епископа Бийского на место переведённого в Томск владыки Владимира. Миссия продолжала оставаться приоритетным направлением деятельности епископа Макария, но к ней добавилась борьба со старообрядчеством. В 1884 году в Бийске было учреждено противораскольническое братство во имя святителя Димитрия Ростовского. Открытые выступления против раскольников 24 или, по другому мнению, монархические выступления против ссыльных революционеров 25 стали причиной поджога архиерейского дома в 1886 году.
В 1891 году владыка становится епископом Томским и Семипалатинским, а в 1905 году – епископом Томским и Барнаульским 26 . В 1903 году его наградили бриллиантовым крестом для ношения на клобуке 27 . В 1906 владыка Макарий был возведён в сан архиепископа. В 1908 году он становится архиепископом Томским и Алтайским, поскольку была организована викарная кафедра в Барнауле 28 .