Открываются мастерские по рукоделию и иконописи, свечной завод, семинария для подготовки учителей миссионерских народных школ, школа катехетов и типография. «Владимир послал в Казань иеромонаха Макария Невского для обучения миссионерским методам у Н.И. Ильминского 16 . После его возвращения школьная система Алтайской миссии была перестроена по принципам Ильминского» 17 .
Иеромонах Макарий посещает в 1864 году Петербург для решения вопроса о печатании в синодальной типографии переводов на алтайский язык и находится в столице в течение двух лет 18 . Второй раз он с этой целью путешествовал в Петербург в 1867 году. За это время он издал чинопоследование литургии Иоанна Златоуста, последования из Часослова и последование Святого Крещения, огласительные поучения, священную историю Нового Завета и наиболее употребительные в богослужении евангельские тексты на алтайском языке.
В 1868–1869 годах иеромонах Макарий работал в Казани над грамматикой алтайского языка, издал ряд святоотеческих и богослужебных книг на алтайском языке 19 . Кроме того, он участвовал в работе казанской крещёно – татарской школы, благодаря чему богослужение стало совершаться на татарском языке. В 1868 году он впервые отслужил литургию для воспитанников школы Ильминского на татарском языке 20 . За эти заслуги казанское миссионерское братство во имя святителя Гурия избрало иеромонаха Макария своим пожизненным членом, а казанский архиепископ Антоний представил его к сану игумена, в который он был возведён в 1871 году 21 .
По возвращении на Алтай отца Макария жизнь миссии приобрела масштабность и оригинальность. Стало выходить много литературы на алтайском языке, для чего была создана собственная переводческо – цензурная комиссия.
В 1875 году игумен Макарий назначен помощником начальника Алтайской миссии 22 . Новое служение требовало постоянного контроля всех миссионерских станов и наблюдения за процессом духовного просвещения. Сотрудничество начальника миссии архимандрита Владимира и его помощника игумена Макария историк Алтайской миссии И.И. Ястребов описывает так: «Архимандрит Владимир был инициатором, организатором и руководителем этого дела, а отец Макарий исполнителем, усовершенствователем и, главное, душой его. Их трудами создана та всесторонняя система просветительского воздействия на инородцев, которой следует подражать и другим нашим миссиям» 23 .