За свои труды о. Нил был награждён золотым наперсным крестом 8 апреля 1873 года, возведён в сан игумена 27 апреля 1876 года. В 1879 году за организацию помощи раненым он был награждён крестом Общества Красного Креста. Являясь настоятелем Николо – Берлюковской пустыни, игумен Нил часто бывал на Угреше, пользовался любовью и уважением насельников. После кончины архимандрита Пимена по желанию братии он 20 ноября 1880 года был назначен настоятелем Николо – Угрешского монастыря, 1 апреля 1887 года его возвели в сан архимандрита. При нём был построен и в основном отделан Спасо – Преображенский собор, а также Никольская часовня. К сожалению, до их освящения архимандрит Нил не дожил. Он скончался 6 мая 1893 года и был похоронен в крипте под алтарём Спасо – Преображенского собора.