Патр. Анфим VI не согласился на церковную независимость болгар. Созванный им в 1878 г. собор предал отлучению как болгарского экзарха и епископов, так и всех имеющих с ними общение. На этом соборе, провозгласившем болгарскую "схизму", присутствовали патриархи Константинопольский, Александрийский и Антиохийский. Иерусалимский патриарх Кирилл оставил соборные заседания и отбыл в Иерусалим.
Болгарский экзархат все же организовался и в 1873 г. состоял уже из 15 митрополий, не считая епископий. Во время русско-турецкой войны болгарский экзарх Анфим был низложен турками и заточен. После окончания войны он был возвращен и занял снова свою виддинскую кафедру, скончавшись в 1889 г. Экзархом еще в 1877 г. был назначен ловчанский митрополит Иосиф. После войны Болгария получила и политическую независимость.
По "экзархийскому уставу" 1895 г. высшей духовной властью болгарской Церкви был Св. Синод, состоявший из экзарха и присутствующих членов. В отсутствие экзарха председательствует назначенный им заместитель из членов Синода. Членами Синода могут быть все епархиальные архиереи. Но при невозможности всем им присутствовать, они избирают только четырех.
Римская церковь намеревалась, пользуясь греко-болгарской распрей, привлечь болгар к унии. С этой целью папа учредил в Константинополе миссионерскую станцию, поручив ее монахам лазаристам (из поляков), которые должны были пользоваться всяким случаем для совращения болгар. Франция и Австрия воздействовали на турецкое правительство, убеждая поддержать унию. В 1860 г. в Болгарии была провозглашена уния, а в 1861 г. в Риме в сан архиепископа и апостольского наместника для болгар униатов был посвящен архимандрит Иосиф Сокольский, бывший игуменом Габровского монастыря. Вскоре он раскаялся и скончался в мире с православной Церковью в Киево-Печерской лавре. Уния имела наибольший успех среди болгар в Македонии, в адрианопольском вилайете и в самом Константинополе. Католики имели две епархии - софийскую, управлявшуюся епископом в Пловдиве и никопольскую, в ведении рущуцкого епископа.
После второй мировой войны, когда советская власть стала править в Болгарии, и имела влияние на восточные патриархии, константинопольский патриарх признал независимость болгарской церкви.
Церковь в сербском королевстве
Сербы, окончательно просвещенные христианством в 9-ом веке, начав государственную жизнь, образовали три великие княжества (жупанства): Собственно Сербское, Боснийское и Захолмское (Герцеговина). Православная церковь в сербском княжестве, с епископской кафедрой в г. Расе, до середины 11 века находилась в подчинении константинопольского патриарха, временами (при господстве болгар в Сербии в 10-ом веке), находясь в зависимости от болгарского архиепископа.
На сербскую церковь оказывала влияние и Римская церковь, т. к. христианство было принесено в Сербию из Рима вследствие близкорасположенной к Италии западной половины Сербии, доходившей до Адриатического моря. Сербские князья, освободившись в 1039 г. от власти греков, которые около 1019 г. обратили Сербию в свою провинцию, решительно склонились на сторону Рима, надеясь этим закрепить свое положение. Сербский великий князь Михаил (1059-84), выпросив у папы королевский венец, полностью подчинился Риму со своей церковью. Папа Григорий VII называл его в посланиях своим "возлюбленным сыном". Таким был и преемник Михаила, Константин Бодин (1084-1100). В правление этих двух князей власть папы прочно утвердилась в западной половине Сербии, где был их собственный великокняжеский удел. В 12 веке господство Римской церкви в Сербии кончилось. Великокняжеская власть перешла к удельному князю Волкану, в восточной половине Сербии, где была православная епископская кафедра (в Расе) и где православие держалось крепче. С этого времени совершился поворот сербской церкви в сторону восточной церкви.
Один из преемников Волкана, Стефан Неманья (1159-95), уничтожив в Сербии уделы и сделавшись единодержавным правителем, привел к окончательному перевесу православной Церкви. Отличаясь набожностью, он построил много храмов, помогал духовенству в уничтожении богомильской ереси, называвшейся в Сербии патаренской. Латинство при нем стушевалось. Преемником Неманьи был его старший сын Стефан Первовенчанный (1195-1228), но младший сын его Волкан, принявший католичество с помощью венгерского короля, подручника папы, согнал Стефана с престола, сделался сам великим князем и формально подчинил сербскую церковь папе. Это было при папе Иннокентии III в 1202 г. В 1207 г. Стефан возвратил себе сербский престол и положил конец папской власти в сербской Церкви.