Греки, сами страдая от турок, не стеснялись умножать страдания болгар. Они отняли у них национальную иерархию. Греки-епископы, преследуя свои интересы, делали все, чтобы только подавить болгарскую народность, не говоря уже о поборах и вымогательствах. Испытывая двойной гнет и не имея своего объединяющего центра, которым мог быть терновский патриарх, болгары в течение 400-летнего рабства стали утрачивать свое национальное сознание. Некоторые принимали мусульманство и примыкали к туркам. Некоторые, главным образом в городах, усваивали греческую народность и её язык. Богослужение в городах и многих сёлах совершалось на греческом языке. Болгарской письменности почти не существовало. Известны только некоторые труды болгар. В 1762 г. хиландарский монах Паисий, родом болгарин из Самокова, написал книгу: "История славяноболгарска о народах, и о царях, и о святых болгарских", в которой приводятся из тьмы забвения факты минувшей славы болгарского народа, как предмет, достойный памяти и подражания. Ученик Паисия, Софроний, еп. Врачанский (1815 г.), издал на новоболгарском языке: "Собрание поучений, переведенных со старославянского и греческого языка" (Кириако-дромион, Рымник, 1806 г.), которая тоже указывала на живучесть болгарской народной речи, заслужившей внимание и сочувствие своего народа (Прав. Богослов. Энциклопедия). Среди деревенских жителей еще сохранялась болгарская национальность, но вследствие забитости и притеснений со всех сторон национальное сознание у них было развито слабо.
В 19 веке христианские народности, подвластные Турции, мало-помалу, при содействии России, начали приобретать политическую и религиозную независимость. Началось движение в пользу национального возрождения, затронувшее и церковный быт. После "гатти-гумаюна" 1856 г. болгары, основываясь на нем, просили о назначении епархиальным архиереям определенного жалования, взамен тех податей и поборов, которыми их облагали архиереи-греки. Правительство передало это дело константинопольской патриархии, которая отказала болгарам в их просьбе. Не имела успеха и просьба болгар иметь им архиереев-болгар по выбору патриархии. После этого раздраженные болгары решили формально отложиться от константинопольского патриарха.
В 1860 г., 3 апреля, в первый день Пасхи, во время торжественного богослужения в церкви при болгарском подворье, депутаты и болгары, проживавшие в Константинополе, за- претили еп. Илариону (из огречившихся болгар, не принявшему сторону болгарской народности), возношение при богослужении имени константинопольского патриарха. С этого времени и началась греко-болгарская распря. В самой Болгарии часть епископов из болгарских уроженцев также примкнули к национально-церковному движению. Архиереи же греки удалились из епархий и лишились власти. Турецкое правительство отправило епископов, отложившихся от патриарха, в ссылку в Малую Азию, откуда они через некоторое время были возвращены.
Между тем переговоры и совещания между правительством, патриархией и болгарскими депутатами об устройстве церковных дел в Болгарии не прекращались. Патриархия, мечтая о возобновлении Византийской империи, желала сохранить для нее болгар, чего не могло быть при получении ими политической и религиозной самостоятельности. В 1867 г. патр. Григорий VI решился сделать важную уступку болгарам, устроив болгарский экзархат, под иерархической властью константинопольского патриарха, (куда бы вошли 13 епархий). Болгары требовали автокефального управления для всех болгарских епархий. Крайние эллинические тенденции греческих представителей при переговорах затрудняли попытки патр. Григория, но он продолжал и дальше искать пути к примирению. Полная неудача в этом заставила его покинуть патриарший престол. Преемником его был 82-летний старец Анфим VI, который при своем избрании обещал привести к соглашению обе православные народности. Но его принудили подчиниться крайним поборникам эллинизма, не соглашавшимся на церковную независимость болгар.
Турецкое правительство решило само покончить с этим спором. В 1870 г., 27 февраля, султан издал фирман об устройстве церковных дел в Болгарии. Было предложено устроить самостоятельный экзархат для всех болгарских епархий; смешанные епархии могли к нему присоединиться, если этого пожелают две трети. Патриархия этого фирмана не приняла. Болгары же, с разрешения турецкого правительства, в 1872 г. торжественно провозгласили независимость болгарской церкви от константинопольского патриарха. Первым экзархом был избран виддинский митрополит Анфим, родом болгарин, но получивший греческое образование и до того состоявший в греческой партии. 2 апреля он получил от турок берат.