Печальное зрелище представлял собою Смоленск для православных москвичей, когда после сорокалетнего пребывания под властию Польши снова перешел в их руки. В этом издревле православном городе не оставалось теперь ни одной православной церкви и монастыря: все были обращены в униатские и латинские, и здесь имел свою кафедру униатский архиерей. Но в тот же день, как Смоленск сдался, государь приказал всем литовским людям, которые не хотят оставаться под его рукою, удалиться из города куда угодно в Литву, и тогда удалились многие униаты и латиняне с своим духовенством, а некоторые бежали из города еще прежде. На другой день (24 сентября) после сдачи Смоленска Алексей Михайлович велел поставить для себя тафтяную церковь во имя Воскресения Христова пред своим государевым станом против Молоховских ворот города, которая на следующий день и освящена Казанским митрополитом Корнилием. Вслед за тем быстро начали восстановляться в Смоленске православные храмы и монастыри, и православие сделалось господствующею верою, как было издревле. Устроение церковных дел в Смоленске могло быть на время поручено патриархом Никоном находившемуся там при царе Алексее Михайловиче с марта по декабрь 1655 г. Тверскому архиепископу Лаврентию. А в 1656 г. по определению Московского Собора назначен был в Смоленск и постоянный епископ, бывший Суздальский, Филарет, которому велено было царским указом взять с собою туда из Переславля половину архиерейской ризницы и несколько человек певчих и детей боярских, служивших при суздальском архиерейском доме. Филарет немедленно обратил в Смоленске униатский собор, построенный по приказанию Сигизмунда III на месте древлеправославного, в собор православный и восстановил монастыри Авраамиев и Вознесенский, которыми при польском владычестве владели латиняне.