Выступая с войском в поход против Польши, государь издал воззвание ко всем сынам святой Восточной православной Церкви, духовным и мирянам, жившим по городам, местечкам, селам и весям царства Польского и княжества Литовского, и объявлял им, что он услышал наконец моления православных Малороссии и принял их под свою державу, а теперь идет со многими ратными людьми освободить от гонений за веру и всех других православных в Литве и Польше, почему и приглашает их отделиться от поляков и добровольно передаваться ему, государю, еще до прихода его войска, "да сохранены будут их домы и достояние от воинского разорения". Но эти православные еще прежде были подготовлены и возбуждены к тому, чтобы поддаться единоверному государю, известиями из Малороссии, какие получали от самого гетмана Хмельницкого и писаря Выговского. И потому едва только московские дружины вступили в Западнорусский край, находившийся под владычеством Польши, как один за другим начали переходить в их руки тамошние города. Многие города сдавались добровольно, без боя: Дорогобуж, Невель, Белая, Полоцк, Велиж, Гомель, Могилев, Усвят, Шклов, Дубровка. Другие были взяты московскими воеводами после небольшого сопротивления: Рославль, Мстиславль, Дисно, Друя, Орша, Чечерск, Новый Быхов, Пропойск, Витебск. Более всех городов сопротивлялся Смоленск, но, наконец, сдался 23 сентября самому государю. И все это совершилось в продолжение каких-нибудь пяти месяцев (с июня по ноябрь) 1654 г. В следующем году Алексей Михайлович снова отправился в Литву (11 марта), причем его сопровождали туда Тверской архиепископ Лаврентий и другие духовные лица с Влахернскою чудотворною иконою Богоматери. И в этот раз войсками царя взяты: Вильна, Ковно, Гродно, Пинск и другие города. Словом, под власть московского государя скоро перешли вся Белоруссия и многие местности в Литве. О сдаче или взятии более значительных городов царь тотчас же посылал известие патриарху Никону, и тогда по всем церквам Великой России совершались благодарственные молебствия. И повсюду, по городам и селам новопокоренного края, первым делом новой власти было принятие присяги от жителей и затем восстановление или ограждение и укрепление православия.
В сентябре 1654 г., 15-го числа, царь Алексей Михайлович во внимание к тому, что жители Могилева покорились ему добровольно, пожаловал им свою грамоту, в которой, удовлетворяя всем их просьбам, изложенным и представленным ими на бумаге, между прочим, говорил: "И мы, великий государь царь, города Могилева бурмистров, райцов, и лавников, и мещан пожаловали и указали нашим богомольцам, Могилевскому епископу и впредь будущим епископам, поставлятися в богоспасаемом нашем царствующем граде в Москве (значит, об этом просили сами жители Могилева) от отца нашего и богомольца, великого господина святейшего Никона, патриарха Московского и всея России, и быть Могилевским епископам и всему освященному Собору Могилевской епископии под благословением святейших патриархов Московских и всея России…" И далее: "А духовных дел не судити (мирским властям), и в духовные дела не вступоватися, и духовных людей, священнический и иноческий чин, на суд к себе не призывать, потому что духовный чин судит епископ Могилевский или его наместники". Впрочем, хотя в Могилеве тогда не было епископа, так как последний Могилевский епископ Иосиф Кононович Горбацкий скончался в 1-й четверти 1653 г., но патриарх Никон не спешил посылать туда от себя нового епископа, а до времени заведовал сам делами Могилевской епархии, как и других соседних, перешедших тогда под власть Московского государства. В декабре 1655 г. он посылал наместника своей Иверской Свято-Озерской обители Филофея с братом Серапионом в Вязьму, Дорогобуж, Смоленск, Оршу, Копыс, Шклов, Могилев и Мстиславль "для ради всякаго церковнаго исправления монастырей", находившихся в этих местах. В конце 1656 г. городские власти и все жители Могилева обратились к Никону с жалобою на старцев своего братского Богоявленского монастыря, что они живут не по-монастырскому, бесчинствуют и продают вино. И Никон, называя себя патриархом всея Великия, и Малыя, и Белыя России, послал свою грамоту (от 6 декабря) находившемуся в Могилеве воеводе Бутурлину, чтобы он не велел тем старцам бесчинствовать и по кабакам вина держать, а о непокорных бесчинниках писал к нему, великому государю.