Выходя из церкви, в которой выслушал соборный приговор над собою, Никон говорил вслух народа, толпившегося вокруг: "Погибла ты, правда, господствует ложь; не следовало тебе, Никон, так смело говорить правду царю и боярам, а льстить бы им и угождать, и ты не дожил бы до такого осуждения". Сел в свои сани и в сопровождении двух архимандритов, назначенных от Собора, и своих приближенных отправился на подворье, где проживал. На другой день ранним утром пришел к Никону от царя окольничий Иродион Стрешнев и принес серебряных денег и различных одежд, собольих и лисьих, для дороги. Но Никон ничего не принял и велел возвратить царю. Стрешнев сказал еще Никону, что царь просит у него благословения себе, царице и всему своему дому. Никон отвечал: "Если бы благоверный царь желал от нас благословения, он бы не явил нам такой немилости" - и благословения царю не дал. Пришли затем посланные от патриархов и всего Собора взять у Никона его клобук и панагию, врученные вчера его монаху Марку, и Никон велел отдать, а архиереи передали тот клобук и панагию в соборную церковь, в патриаршую казну. Пришел, наконец, от царя полковник Аггей Шепелев и сказал Никону, что назначен провожать его в Ферапонтов монастырь и что велено немедленно отправляться в путь. В Кремле собралось множество народа, но между собравшимися пустили слух, что Никон поедет из Кремля в Спасские ворота по Сретенке, и, когда народ отхлынул в Китай-город, чтобы там удобнее видеть проезд Никона, его быстро повезли из Кремля в Арбатские ворота на Каменный мост. Двести стрельцов с своими начальниками сопровождали поезд за самый Земляной город, а отсюда поехал провожать Никона только полковник Шепелев с пятьюдесятью стрельцами. С Никоном отправились из Москвы в Ферапонтов монастырь два иеромонаха, два иеродиакона, один монах и два человека-бельца, а патриархи и Собор с соизволения государя велели ехать вслед за Никоном нижегородскому печерскому архимандриту Иосифу и как в дороге, так и по приезде в монастырь строго наблюдать, чтобы Никону никакого оскорбления никто не чинил, а сам Никон никаких писем не писал и никуда не посылал. К 21 декабря Никон прибыл с своими спутниками в Ферапонтов монастырь еще до рассвета и встречен был одним лишь игуменом, который и отвел ему для помещения две больничные кельи, так как все прочие кельи монастыря повреждены были незадолго пред тем случившимся пожаром. С наступлением утра к Никону явились сопутствовавшие ему архимандрит Иосиф и полковник Шепелев и объявили, что по указу царскому и благословению патриархов и Собора они должны взять от него, Никона, архиерейскую мантию и посох. Никон отдал без всякого прекословия, и мантия и посох отправлены были в Москву с одним ферапонтовским иеромонахом, а сами архимандрит Иосиф и полковник Шепелев с стрельцами остались жить при Никоне для охраны его впредь до государева указа.
Одновременно с тем, как происходило низложение Никона, делались распоряжения об изъятии из-под его власти всех трех монастырей, которыми он владел прежде. На другой же день после словесного над ним приговора, т. е. 6 декабря, уже послана была в Иверский монастырь царская грамота архимандриту Филофею и наместнику Паисию, чтобы они не слушались ни в чем поставленного Никоном строителя, старца Евфимия, и не давали ему никакой воли ни в монастырской казне, ни в монастырских вотчинах, равно как и никому другому, если еще кого пришлет Никон, а сами заведовали всем впредь до государева указа и чтобы теперь же оба прибыли в Москву, взяв с собою старца Филагрия с товарищи, которых прислал Никон в Иверский монастырь под начало. А 12 декабря, когда был прочитан и письменный приговор над Никоном, от патриархов и всего Собора с соизволения государя последовал приказ новоспасскому келарю Варлааму да подьячему Авдию Федорову, чтобы они ехали в Крестный монастырь и сделали там подробную перепись всего имущества, монастырского и церковного, всей братии и службников, всех монастырских вотчин и прочих владений и, переписав, приказали ведать всем этим местному архимандриту, келарю, казначею и соборным старцам впредь до указа государева, а отнюдь не слушаться тех, кого будет присылать Никон; чтобы выслали в Москву из Крестного монастыря старца Евстратия и других, битых Никоном и сосланных туда из Воскресенского монастыря, и чтобы допросили иноков, службников и крестьян, которые по приказу Никона были биты кнутьем, или какими пытками пытаны, или у кого руки и ноги ломаны, и взяли у тех людей сказки за руками их духовных отцов, и скоро прислали в Москву. Такое же распоряжение сделано было и относительно Воскресенского монастыря.