"Узнав из всего этого, - продолжали патриархи вместе со всем Собором в своем приговоре, - что Никон действовал не по-архиерейски и с кротостию, а неправедно и тиранически, мы на основании канонов святых апостолов и святых Соборов, Вселенских и Поместных, совершенно низвергли его от архиерейского сана и лишили священства, да вменяется и именуется он отныне простым монахом Никоном, а не патриархом Московским, и определили назначить ему местопребывание до конца его жизни в какой-либо древней обители, чтобы он там мог в совершенном безмолвии оплакивать грехи свои". Надобно заметить, что приговор, прочитанный над Никоном, не был еще подписан никем, он подписан, как увидим, членами Собора уже впоследствии, спустя более месяца, и что последняя статья, касающаяся духовника Никонова, внесена в приговор после прочтения его, потому что духовник этот представился Собору только 13 декабря. По прочтении приговора патриархи велели через переводчика Никону, чтобы он снял с себя клобук с жемчужным серафимом, но Никон не согласился. Тогда Александрийский патриарх как судия вселенский тихо подошел к Никону и сам снял с головы его патриарший клобук, а надел на нее простой клобук, который снял с находившегося вблизи греческого монаха. Потом сняли патриархи с Никона и сребропозлащенную панагию, украшенную жемчугом и другими драгоценными камнями, и Никон сказал: "Возьмите все это себе, бедные пришельцы, и разделите на ваши нужды". Но патриархи не взяли, а передали как клобук, так и панагию Никона стоявшему при нем монаху его Марку. "Возьмите и мою мантию, если желаете", - сказал Никон. "Следовало бы, - отвечали ему, - снять с тебя теперь же и архиерейскую мантию, но по сильному ходатайству великого государя дозволяем тебе носить ее, пока не прибудешь в назначенную тебе для жительства обитель". Т. е. мантии и посоха не взяли теперь у Никона, "страха ради всенародного". Наконец, объявив ему, что он уже не патриарх, а простой инок и должен идти на место своего покаяния в Ферапонтову обитель в Белозерских пределах, отпустили его из церкви.
Сохранилось хотя краткое, но драгоценное суждение о суде и приговоре над Никоном одного из лиц, участвовавших в этом суде и подписавших этот приговор, именно Черниговского епископа Лазаря Барановича, мужа, сколько просвещенного, столько же благочестивого и не имевшего никаких побуждений относиться к Никону неприязненно и несправедливо. В письме своем к киево-печерскому архимандриту Иннокентию Гизелю тотчас по возвращении с Московского Собора Баранович писал: "Бывшего патриарха низложило собственное ему упорство. Он самовольно отказался от престола, всенародно, в виду клира и народа, сложил с себя патриаршеские отличия, и что он сам отказался, в том дерзновенно и признание учинил, слагая причину удаления своего с престола на гнев царский, но смирение все бы победило. Надобно было изумляться благодушию и кротости царя: заливаясь слезами, он исторгал слезы у зрителей. Доказано было со стороны царя, что Никон, не подвергаясь никакому преследованию, незаконно оставил свою паству. Смирение одержало бы верх, но оно вовсе оскудело: в порыве гнева Никон укорял и Восточных патриархов в том, что они, лишившись своих престолов, беззаконно требуют его к суду, - всех против себя восставил… Изложены были (пред Собором) противозаконные его поступки, жестокое управление его клиром, низвержение им собственною своею властию одного епископа, что послужило причиною скоропостижной смерти его от умопомешательства. Приговор Собора прочитан был всенародно, сперва на греческом, а потом на славянском языке, в домовой церкви у патриархов. После того велели Никону снять свой клобук, украшенный серафимом, но он не послушался. Тогда Александрийский патриарх как вселенский судия сам сбросил с него клобук и надел на него простой, дабы показать, что с этого времени он монах-простец. Зрелище было изумительное для глаз и ужасное для слуха. Я страдал и издыхал от ударов, переносил ужасы и упал духом, когда погасло великое светило".