Шестое заседание Собора, судебное третье, происходило в той же столовой избе государевой 3 декабря, в понедельник. Присутствовали как патриархи с архиереями и прочим духовенством, так и сам царь с своим синклитом, но Никон не был приглашен, вероятно, потому, что теперь не предлагалось никаких новых обвинений против него, а только подтверждались, пояснялись и обсуждались прежние, по которым он уже был допрошен в предшествовавшем заседании, и только доканчивалось то, чего тогда не успели кончить: суд теперь был заочный. Лишь только заседание открылось, государь сошел с своего царского места и говорил к патриархам: "Приношу жалобу вместе с митрополитами, архиепископами и епископами и всем освящ. Собором, с боярами, окольничими и со всем синклитом на Никона, бывшего патриарха, что он, бранясь с митрополитом Газским, в письме своем к Цареградскому патриарху назвал меня, и весь освященный Собор, и всего моего царства людей еретиками, будто мы отложились от св. Восточной апостольской Церкви и приложились к Римскому Костелу. А св. мать наша соборная наша Церковь имеет в себе многоцелебную ризу Спасителя нашего и Бога, и мощи святителей и чудотворцев Московских, и мы веруем истинно, по преданию св. апостолов и св. отцов, и должны умирать за свою православную веру и за св. Божии Церкви. Рассудите нашу жалобу и очистите меня, и освящ. Собор, и всех православных христиан нашего царства от того Никонова названия". И, окончив речь, государь поклонился патриархам, а за ним и весь Собор, и весь синклит поклонились патриархам до земли. Патриархи в ответ на эту жалобу, которая была приносима и в предшествовавшем заседании, сказали: "То дело великое, и за то дело надобно стоять крепко. Если Никон назвал тебя, государь, и весь Собор, и всех в вашем царстве еретиками, то назвал также еретиками и нас, будто мы к еретикам пришли творить суд. Но мы в Московском государстве видим православных христиан, имеющих истинную веру греческого закона. По правилам св. апостолов и св. отцов, кто на кого клевещет или кого обвиняет в каком-либо злом деле и не докажет обвинения, тот сам подвергается наказанию, какого заслуживал бы обвиняемый им, если бы оказался виновным, а кто взведет на кого еретичество и не докажет, такой клеветник достоин, если священник, извержения, а если мирянин, проклятия. Никон назвал тебя, государя, и всех у вас православных христиан еретиками, и мы будем судить его по правилам св. апостолов и св. отцов". Тут государь рассказал патриархам, что вчера, 2 декабря, он посылал к Никону яства и питье, но Никон не принял и сказал, что у него и своего есть много и будто он о том государю не приказывал. Патриархи заметили: "Никон делает все, исступя ума своего".
Последовали и другие дополнения и пояснения к тому, что говорилось в предшествовавшем заседании.
Тогда говорили и свидетельствовали, что Никон отрекся от своего патриаршего престола, а Никон утверждал, что не отрекался, теперь государь представил патриархам три письма к нему Никона, в которых последний сам называл себя бывшим патриархом, и письма эти были прочитаны в собрании. Представил также государь и письмо к нему Никона, присланное с стольником Матвеем Пушкиным, где Никон излагал свое согласие, чтобы в Москву избран был новый патриарх при известных условиях. И это письмо было прочитано.
Государь сказал в прошлом заседании, что он не писал про Никона никаких укорительных слов в своих грамотах к Восточным патриархам, тогда как Никон в своих грамотах к ним написал про него многие бесчестия и укоризны; теперь государь велел прочитать вслух всех для примера грамоту, посланную им к Александрийскому патриарху Паисию, об отшествии Никона с престола и, когда грамота была прочитана, вновь жаловался на клеветы и укоризны, какие написал про него Никон. Патриархи Паисий и Макарий сказали: "Никон писал такие укоризны, думая, что и все таковы, каков он сам. В царственных книгах написано: кто обличится во лжи однажды и трижды, тому впредь верить ни в чем не должно. А бывший патриарх Никон обличился во многих лжах, и ему не подобает ни в чем верить".
Никон назвал в прошлом заседании митрополита Питирима и Павла своими недругами, будто они хотели его отравить; теперь оба митрополита подали патриархам свое письмо, очищая себя от клеветы, и патриархи велели своему переводчику, архимандриту Дионисию, принять эту бумагу. А государь приказал прочитать письмо к нему патриарха Никона, в котором последний так несправедливо и так резко порицал Питирима и самого царя за совершенное Питиримом действо в неделю ваий. И письмо было прочитано.