Государь: "Епископ Мефодий послан в Киев не митрополитом, но блюстителем нужды ради: Киевский митрополит, оставя свою кафедру, ушел в Польшу из Киева, а тамошняя страна без пастыря быть не может: городов и людей в ней много, от Москвы она далеко. И о том поставлении Мефодия я писал к Константинопольскому патриарху. Сам же Никон, как был на патриаршестве, поставил в Полоцк епископа, хотя Полоцкая епархия также исстари под благословением Цареградского патриарха".
Никон: "В Полоцк и прежде, при царе Федоре Ивановиче, ставили епископов Московские патриархи".
В грамоте было написано о Питириме митрополите, что он стоял на патриаршеском месте и сидел на патриаршем седалище, чего и приходившие к нам Восточные патриархи не делывали. Питирим отвечал: "По отшествии Никона патриарха я стоял и сидел в соборной церкви во время служб там, где мне подобало стоять и сидеть, но на патриаршем месте не стаивал и не сиживал, а в неделю ваий я действовал по указу государя, а не собою".
Никон: "Тебе не следовало так действовать, то действо патриаршеское".
Государь: "Когда Никон был в Новгороде митрополитом, он и сам так действовал, и, когда был на патриаршестве, при нем так действовали в Новгороде, и в Казани, и в Ростове".
Никон: "То-де я делал по неведению".
В конце грамоты было написано: "Писася в строении нашем, в Новом Иерусалиме Воскресенского монастыря". Тут патриархи спросили Никона: "Зачем он так написал?" Никон сначала сказал, что то переведено неверно, а потом присовокупил, что хотя у него и написано "в Новом Иерусалиме", только намерение его к горнему Иерусалиму, и назвал себя священником того Иерусалима.
Когда чтение грамоты и все возражения против нее окончились, Никон обратился к государю и сказал: "Бог тебя судит; я еще на избрании своем узнал, что тебе, государю, быть добру ко мне только до шести лет, а потом быть мне возненавиденным и мучимым". "Допросите его, - сказал царь патриархам, - как он то узнал на избрании своем". Но Никон на вопрос патриархов ничего не отвечал. "Сказывал Никон, - заметил Рязанский архиепископ Иларион, - что видел звезду метлою, и от того будет Московскому государству погибель; он бы поведал, от коего духа то узнал".
Никон: "И в древнем законе такие знамения бывали; авось-де на Москве то и сбудется. Господь пророчествовал на горе Елеонской о разорении Иерусалима за четыреста лет". И патриархи велели Никону идти на подворье.
Заседание было слишком продолжительно. Начавшись в третьем часу дня, оно окончилось во втором часу ночи и более всех должно было утомить царя и патриарха Никона, которые одни почти и действовали и все время оставались на ногах. Все заседание посвящено было только допросам Никона. Обвинения, по которым допрашивали его, указывал сам царь, и главных обвинений было два. Первое состояло в том, что Никон самовольно отрекся от престола и оставил Церковь, от чего в ней произошли многие смуты и она девятый уже год оставалась без архипастыря. Второе - в том, что Никон в своих письмах к Восточным патриархам изрек многие бесчестия и укоризны на государя, оклеветал его. Из расспросов по первому обвинению уяснилось, что Никон оставил свою кафедру и Церковь единственно из-за гнева государя к нему лично - причина совершенно недостаточная; если и был на него гнев государя, то ему, Никону, следовало, как справедливо заметили ему патриархи, посоветоваться с архиереями и бить челом государю, просить у него прощения, а не покидать Церкви, и на такое долгое время. Из допросов по второму обвинению, или, что то же, из чтения грамоты Никоновой к патриарху Дионисию, хотя обнаружилось, что не все Никон написал про царя неправду и по некоторым делам объяснения, высказанные на Соборе царем, нельзя признать удовлетворительными, но обнаружилось также, что Никон действительно написал про государя важные укоризны, клеветы, неправды, которые и подтвердить чем-либо отказался, например, будто царь вмешивался в архиерейские дела, будто он из-за Никона многих мучил, посылал в заточение, будто за нападки на Уложение, его, Никона, много раз хотели убить и пр. Обнаружилось еще, что Никон сам собою, без Собора низложил и подверг жестокому наказанию епископа Коломенского Павла и нанес в своей грамоте к Дионисию бесчестие не одному государю, но и всем сынам Русской Церкви, якобы они уклонились от Восточного православия и соединились с Римским Костелом. Патриархи Паисий и Макарий мало говорили в этом заседании, лишь изредка предлагали вопросы и делали замечания. Из русских архиереев и из чинов царского синклита говорили немногие и немного, когда признавали то нужным и уместным, а из греческих архиереев не говорил никто, даже Паисий Лигарид, вероятно, потому, что они не понимали русского языка, на котором происходили все допросы Никону и его ответы, равно как и все объяснения царя.