Прибывъ въ Римъ въ концѣ 867 г. они не застали въ живыхъ папу Николая I (ум. 867). Новый папа Адріанъ II, болѣе мягкій, съ почетомъ встрѣтилъ ихъ, привезшихъ мощи Св. Климента, которыя были положены въ церкви его имени. Въ Римѣ, съ одной стороны, были довольны успѣхами христіанства въ Моравіи, съ другой же стороны, не одобряли широкаго введенія славянскаго языка въ богослуженія. Вообще, при изученіи отношенія папъ къ дѣятельности Св. братьевъ въ славянскихъ земляхъ, надо учитывать общую политику Рима. Перемѣны въ отношенія ихъ миссіонерской работы зависѣли отъ того, каковы въ то или иное время были отношенія Рима съ Византіей, къ коей церковно тяготѣла Болгарія, а также кого изъ наслѣдниковъ Карла Великаго въ данный моментъ поддерживали папы. Когда Св. братья прибыли въ Римъ, въ Царьградѣ царствовалъ Василій Македонянинъ, патріархъ же Фотій, столь ненавистный Риму, былъ замѣненъ Игнатіемъ. Послѣдній былъ настроенъ къ Риму примирительно. Болгарскій вопросъ находился въ стадіи разсмотрѣнія. Папа въ это время поддерживалъ западныхъ Каролинговъ и ему важно было доброжелательство моравскаго князя, враждовавшаго съ восточными - нѣмецкими Каролингами.
Папа Адріанъ проявилъ доброжелательство къ Св. братьямъ. Привезенные ими ученики славяне были поставлены въ діаконы и въ священники. Тогда же, по-видимому, Меѳодій сталъ іеромонахомъ. Папа и его совѣтъ, выслушавъ доводы Константина, утвердили введенные имъ въ славянскихъ странахъ порядки. Послѣдовало разрѣшеніе совершать каноническіе часы и божественныя службы на славянскомъ языкѣ. Константинъ вскорѣ заболѣлъ и, принявъ за 50 дней до смерти схиму съ именемъ Кирилла, преставился 14 февраля 869 г. Онъ былъ торжественно погребенъ. Меѳодій, ссылаясь на завѣщаніе матери, просилъ о разрѣшеніи похоронить брата на родинѣ. Папа сначала согласился, затѣмъ же, по настоянію ближайшихъ совѣтниковъ, отказалъ, предложивъ, въ видѣ особаго исключенія, погребсти Св. Кирилла въ храмѣ Св. Петра. Тогда Меѳодій просилъ и получилъ разрѣшеніе погребсти брата въ церкви Св. Климента въ Римѣ.
Вскорѣ послѣ смерти брата, Меѳодій, посвященный во епископа Моравіи и Панноніи, былъ отправленъ папой въ послѣднюю страну. Объ этомъ просилъ князь Коцелъ. Къ этому времени Болгарія церковно подчинилась Византіи. Въ Моравіи же воцарился Святополкъ, выдавшій дядю своего, Ростислава, нѣмцамъ и въ тѣ годы дружившій съ ними. Папѣ важно было привлечь на свою сторону князя Панноніи и моравскій народъ. Въ граматахъ къ моравскимъ и паннонскимъ князьямъ папа Адріанъ сообщалъ о разрѣшеніи примѣнять славянскій языкъ за богослуженіями, съ тѣмъ только чтобы на литургіи Евангеліе и Апостолъ читались сначала по латыни, а потомъ по славянски. Меѳодій поселился въ г. Мосбургѣ у Блатенскаго озера и сначала работа его въ Панноніи развивалась успѣшно. Но вскорѣ яростную кампанію противъ него повелъ Зальцбургскій епископъ, считавшій Паннонію въ своей юрисдикціи. По его распоряженію Меѳодій былъ схваченъ и въ началѣ 871 г. заточенъ въ Швабіи. Тамъ онъ просидѣлъ два съ половиной года. Только тогда — опять по причинѣ общей политики — новый папа, Іоаннъ VIII (съ 872), рѣшился заступиться за него. Онъ доказывалъ Зальцбургскому епископу правоту Меѳодія и то, что Паннонія, какъ часть Иллиріи, находится въ непосредственной юрисдикціи Рима. Меѳодій былъ освобожденъ въ концѣ 873 года или въ началѣ 874 года. Въ 874 г. онъ былъ уже въ Моравіи и вновь поселился въ Велеградѣ.
Миссіонерская работа его не ограничивалась Моравіей. Она распространялась на Краковскую Польшу, частично подчиненную Святополку, и на Чехію. Сѣмена его попадали въ Словакію, въ Прикарпатскую Русь (Угорскую и Червонную), черезъ Паннонію въ Сербію, въ Словенію. Нѣмецкіе епископы продолжали борьбу съ Меѳодіемъ, находя поддержку у коварнаго кн. Святополка. Они донесли папѣ, что Меѳодій не исповѣдуетъ католическаго ученія о происхожденіи Духа Святаго и отъ Сына, а также не признаетъ папской власти, отчего и устанавливаетъ славянскую службу. Въ 879 г. папа вызвалъ Меѳодія въ Римъ. По выслушаніи его передъ лицомъ епископовъ, папа Іоаннъ сообщилъ Святополку, что архіепископъ моравской Церкви признанъ “православнымъ во всѣхъ церковныхъ ученіяхъ” и онъ возвращаетъ его въ Моравію. Наряду съ этимъ былъ поставленъ викарнымъ епископомъ въ г. Нитру пресвитеръ нѣмецъ Вихингъ, присланный Святополкомъ и не сочувствовавшій Меѳодію.