«Печатая мою историю Новгорода и Пскова, — писал он, — я в ту же осень принялся заниматься историею Смутного времени Московского государства в начале XVII века, и, каждый день посещая Публичную библиотеку, изучал источники эпохи, которую предполагал обработать. Во всей древней севернорусской истории не было такого другого периода, в котором бы народ был до такой степени предоставлен самому себе и собственными силами должен был отстаивать свое политическое, общественное и религиозное существование от внешних нападений и внутренних неурядиц и где он невольно должен был показать весь запас собственных духовных сил, необходимых для своего спасения. Эпоха эта, страшная и кровавая, заключала в себе утешительного то, что народ, перенесший ее, вышел из нее с торжеством, отстоявши, по крайней мере, свою независимость и свой общественный строй с теми началами, с какими установился прежде…Приступая к Смутному времени, я был верен себе и своей задаче работать над историею народа. Я работал над эпохою Хмельницкого и Выговского, где главным образом выказывалась деятельность народной массы; меня увлекала история Новгорода и Пскова, где также на первом плане была народная масса; меня заняла сильно эпоха дикой самодеятельности народа, проявившейся в бурное восстание Стеньки Разина. Точно по тем же побуждениям изучать и выражать в истории народную жизнь принялся я и за Смутное время Московского государства в начале XVII века.
В начале 1863 года я съездил на непродолжительное время в Москву, где систематически осмотрел все монастыри и много церквей, имевших историческое значение, а по возвращении оттуда выпустил в свет свою историю Новгорода и Пскова, давши ей название „Севернорусские народоправства"… по выпуске его в свет я получил от некоторых знакомых мне ученых лиц замечание, что название „Севернорусские народоправства" слишком вычурно, с чем я мало-помалу согласился и впоследствии перепечатал заглавный листок, давши этому сочинению другое название, гораздо проще: „История Новгорода, Пскова и Вятки". Впрочем, первоначальное название остается для меня предпочтительнее. Сочинение это встречено от некоторых с похвалою, от других с упреками; иные видели у меня исключительное пристрастие к Новгороду, поклонение его свободе, других коробило то, что я указывал на сходство древнего новгородского наречия с малорусским и на этом основании делал предположение о древнем сродстве новгородцев с южнорусским племенем». На это сравнение великорусские патриоты могли только злобно шипеть. Впрочем, особенного шипа тут не было. Но Костомарову ли не превратить тихий шип в звериный рев?